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万見
- PDB-7xiv: Structural insight into the interactions between Lloviu virus VP3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xiv
タイトルStructural insight into the interactions between Lloviu virus VP30 and nucleoprotein
要素Nucleocapsid protein,Minor nucleoprotein VP30
キーワードVIRUS / Lloviu virus / VP30 / NP / Interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Transcriptional activator VP30, Filoviridae type / Ebola virus-specific transcription factor VP30 / Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / Transcriptional activator VP30
類似検索 - 構成要素
生物種Lloviu cuevavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.498 Å
データ登録者Dong, S.S. / Qin, X.C. / Sun, W.Y. / Luan, F.C. / Wang, J.J. / Ma, L. / Li, X.X. / Yang, G.X. / Hao, C.Y.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070267,31622007,31670237 中国
Other governmentNational key R&DProgram of China (2018YFD1000501) 中国
Other governmentShandong Provincial Natural Science Foundation, China (ZR2019ZD48, ZR2020QC057) 中国
Other governmentTaishan Scholars Project (tsqn201812079) 中国
Other governmentHigher Educational Science and Technology Program of Jinan City (2020GXRC058) 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the interactions between lloviu virus VP30 and nucleoprotein.
著者: Sun, W. / Luan, F. / Wang, J. / Ma, L. / Li, X. / Yang, G. / Hao, C. / Qin, X. / Dong, S.
履歴
登録2022年4月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleocapsid protein,Minor nucleoprotein VP30
B: Nucleocapsid protein,Minor nucleoprotein VP30


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7402
ポリマ－38,7402
非ポリマー00
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area12720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.251, 64.251, 175.795
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 30 through 154)
21chain B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and resid 30 through 154)A30 - 154
211chain BB183 - 307

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要素

#1: タンパク質 Nucleocapsid protein,Minor nucleoprotein VP30 / Nucleoprotein / Transcriptional activator VP30


分子量: 19369.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lloviu cuevavirus (ウイルス) / 株: isolate Bat/Spain/Asturias-Bat86/2003 / 発現宿主: Expression vector pET-mod (その他) / 参照: UniProt: G8EFI1, UniProt: G8EFI6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 7.0, 0.25 M NaCl, 22% (w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.498→32.126 Å / Num. obs: 13571 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 40.4
反射 シェル解像度: 2.498→2.598 Å / Num. unique obs: 660 / Rpim(I) all: 0.084

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DVW

5dvw


解像度: 2.498→32.126 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2694 1299 10.01 %
Rwork0.229 11676 -
obs0.233 12975 96.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.15 Å2 / Biso mean: 63.953 Å2 / Biso min: 36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.498→32.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2021 0 0 13 2034
Biso mean---54.83 -
残基数----259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012056
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2982786
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008345
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.5091244
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1110X-RAY DIFFRACTION7.367TORSIONAL
12B1110X-RAY DIFFRACTION7.367TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4981-2.5980.34171340.2594118690
2.598-2.71620.32361290.29118791
2.7162-2.85930.37661380.2898123694
2.8593-3.03840.39191410.3034126996
3.0384-3.27270.36071440.2878128597
3.2727-3.60170.29631490.2642133399
3.6017-4.1220.24151500.2133134399
4.122-5.18970.23821520.18591372100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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