PDB-7xio: Crystal structure of TYR from Ralstonia

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xio

タイトル

Crystal structure of TYR from Ralstonia

要素

Polyphenol oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Tyrosinase / Tyrosine / L-Dopa / Ralstonia / METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

tyrosinase / catechol oxidase activity / tyrosinase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ralstonia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Sun, D.Y. / Cui, P.P. / Liao, L.J. / Liu, X.K. / Liu, B. / Guo, Y. / Feng, Z. / Zhang, J. / Li, X. / Zeng, Z.X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of TYR from Ralstonia
著者: Sun, D.Y. / Cui, P.P. / Liao, L.J. / Liu, X.K. / Liu, B. / Guo, Y. / Feng, Z. / Zhang, J. / Li, X. / Zeng, Z.X.

履歴

登録	2022年4月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xio.cif.gz	610.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xio.ent.gz	422.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xio.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7xio_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xio_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7xio_validation.xml.gz	44.5 KB	表示
CIF形式データ	7xio_validation.cif.gz	62.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/7xio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/7xio	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4x3pS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Polyphenol oxidase

B: Polyphenol oxidase

C: Polyphenol oxidase

ヘテロ分子

164 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Polyphenol oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Polyphenol oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Polyphenol oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	190.897, 190.897, 402.109
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32
Space group name Hall	R32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z #7: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3 #11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3 #12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3 #13: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3 #16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3 #17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3 #18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 35 through 40 or resid 42...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 35 through 40 or resid 42...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 35 through 40 or resid 42...

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.472459746561, 0.406226470957, -0.782152058217), (0.450772189068, -0.651214843919, -0.610510983212), (-0.757354752704, -0.641014259867, 0.124557204544)	-146.239592194, 146.99037599, -18.9015372036
2	given	(-0.178558243141, -0.323468959887, -0.929238820646), (-0.700216893228, -0.621706113981, 0.350966964651), (-0.691240375154, 0.713336764669, -0.115487678685)	-46.4694029642, 81.5456745619, -105.40907707

#1: タンパク質	Polyphenol oxidase / Polyphenol oxidase with tyrosine hydroxylase activity oxidoreductase protein / Tyrosinase 分子量: 54583.801 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia (バクテリア) 遺伝子: CJO87_16720, MAFF211479_31910, RD1301_v1_4420004, RUN1744_v1_120005, RUN215_v1_900048, TD1301_v1_1720005, TF3108_v1_180005, TO10_v1_260005 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0K1ZP03, tyrosinase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.46 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.015M Magnesium acetate tetrahydrate,0.05M Sodium cacodylate trihydrate,pH 6.0,1.7M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.64→152.9 Å / Num. obs: 1386447 / % possible obs: 99.9842 % / 冗長度: 19.4 % / B_iso Wilson estimate: 68.05 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.138 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 82467
反射シェル	解像度: 2.75→2.9 Å / R_merge(I) obs: 1.343 / Num. unique obs: 206653 / CC_1/2: 0.83 / R_pim(I) all: 0.313

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
DIALS		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4X3P

4x3p

解像度: 2.64→48.09 Å / SU ML: 0.3833 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 19.5194
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2017	4105	4.98 %
R_work	0.1814	78332	-
obs	0.1824	82437	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.64→48.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9935	0	15	183	10133

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0027	10211
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6215	13976
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0448	1568
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	1825
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.3957	1392

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.420597311596
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.441983118392

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.64-2.67	0.4002	141	0.3683	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.71	0.315	137	0.3447	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.74	0.3454	141	0.3208	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.78	0.3374	143	0.2838	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.82	0.2676	151	0.2657	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.86	0.2614	132	0.2522	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.9	0.2753	123	0.235	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.9-2.94	0.2735	169	0.2217	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-2.99	0.2311	153	0.2149	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.04	0.2362	148	0.2109	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.1	0.2421	146	0.2125	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.16	0.2536	121	0.2238	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.16-3.22	0.2501	149	0.2255	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.29	0.234	140	0.2355	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.37	0.2745	123	0.2461	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.45	0.2735	135	0.2574	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.55	0.2412	131	0.2046	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.55-3.65	0.2017	147	0.185	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-3.77	0.2061	151	0.1738	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.77-3.9	0.2075	145	0.1694	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9-4.06	0.1642	149	0.1541	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
4.06-4.24	0.1705	157	0.1503	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.24-4.47	0.1755	137	0.1412	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
4.47-4.75	0.1422	134	0.1236	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
4.75-5.11	0.1417	146	0.1299	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
5.12-5.63	0.1711	131	0.153	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
5.63-6.44	0.1977	147	0.1666	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
6.44-8.11	0.1801	140	0.1599	2766	X-RAY DIFFRACTION	99.9
8.11-48.09	0.1712	138	0.1683	2880	X-RAY DIFFRACTION	99.67

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.73613649618	0.198947125664	0.976542306955	1.83081243502	-0.00436802031573	2.42216292666	-0.0101587511742	0.234369669655	0.152017239074	0.00745794777406	0.0687833052496	-0.297908977113	-0.19237973639	0.300864448205	-0.0609781940386	0.450924770346	-0.030219541712	0.0634577782108	0.391161277605	-0.12681608398	0.397823751068	-58.691280246	82.3207851317	-63.9039933017
2	1.07214464332	0.209526004691	0.378593236867	1.70576961745	0.322077324506	2.07714516938	0.0630394390216	-0.0454818380299	0.0178054346881	0.142717166007	0.136435586552	-0.262868119208	0.100910707212	0.118863053233	-0.199544383031	0.476564561019	-0.00209056795679	0.0122746335454	0.424849593691	-0.142614753073	0.458098635973	-58.8809810486	75.4112394068	-54.9078525773
3	0.183116753372	-0.384000855762	0.156307353848	2.82761694653	0.636167600497	2.1126194951	-0.174483932875	-0.35717179687	-0.0271431719432	0.93502867317	0.322788471611	-0.414583911082	0.17828461387	0.252659887941	-0.144799308485	0.656602034669	0.0746460689762	-0.0792017322134	0.656778890451	-0.120193706493	0.548463819335	-58.4044961777	71.4808931307	-40.8770487752
4	3.00008628487	-0.132782864286	-0.12866278369	3.27019652571	0.578216246674	2.82556416963	-0.255980207016	-0.396833789104	-0.0976249525731	0.897687732262	0.361905599088	-0.307061240918	0.434865818046	0.0557137050187	-0.117668609972	0.868746126755	0.143677472212	-0.138269661986	0.544269912961	-0.0948938232439	0.477682078217	-57.1300582191	54.917328711	-43.4276629769
5	1.97081704181	0.3316861596	-0.0785414976958	1.85211409466	0.887896511794	1.82492538846	0.0624619439356	0.111631059206	-0.101529618317	-0.140081825971	0.135434884671	-0.431462778006	-0.0716931417395	0.165916161942	-0.193985683289	0.507372688379	0.021169291746	-0.0197089014422	0.399485486116	-0.159533007079	0.545957736569	-41.7831521408	104.634297419	-31.4352188321
6	0.815731049167	0.0817874045464	-0.514278646943	2.51754673343	1.51453169558	1.37362209168	-0.180160720334	0.249627021622	-0.492804895684	0.464187962534	-0.0635159091004	0.422810489268	0.20823575895	-0.397563369684	0.223728786286	0.668027848365	-0.037229913983	-0.0569555605471	0.586491625988	-0.013875387534	0.755262472809	-61.202019152	92.4817925273	-25.445090775
7	4.15959579315	0.418623243361	-0.646453141623	1.89312392329	0.173019343721	3.06349273805	0.229166709609	-0.319264965471	0.208129584012	-0.0244986262824	-0.207177016225	0.211464919826	-0.0951728123313	-0.248251953677	0.00517642059054	0.560699413707	-0.0562583301573	0.00208238088891	0.665652729714	-0.136307288306	0.553877365002	-71.2812948691	110.31207683	-15.2484721539
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9	3.22855348058	0.192367450703	-0.0629880641781	1.38520714971	-0.131201543418	1.33524994166	-0.0291452790203	-0.222146803751	-0.0196355770808	0.0432558645153	0.0762962064182	0.134813306696	0.121451900884	-0.0207039721552	-0.0469468686486	0.423191375739	-0.0951729537449	0.108622937498	0.579221763005	0.0648774877869	0.514841169331	-7.48102567421	54.1803182894	-2.81545449391
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11	2.30533591945	-0.612705363595	0.329681937194	2.33762140608	0.395302036264	2.30378706629	0.127215981727	0.462752178062	0.537783279957	-0.235074596981	-0.020006277998	0.117085970772	-0.251865282049	-0.375760741406	-0.0998199694247	0.49584370918	-0.0354905594268	0.058586708604	0.759704039417	0.21081679394	0.732655760102	-12.9337752447	71.8417531668	-22.5911290241

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 35 through 117 )	A	A	35 - 117	1 - 83
2	2	chain 'A' and (resid 118 through 299 )	A	A	118 - 299	84 - 265
3	3	chain 'A' and (resid 300 through 363 )	A	A	300 - 363	266 - 318
4	4	chain 'A' and (resid 364 through 497 )	A	A	364 - 497	319 - 431
5	5	chain 'B' and (resid 35 through 310 )	B	B	35 - 310	1 - 276
6	6	chain 'B' and (resid 311 through 349 )	B	B	311 - 349	277 - 306
7	7	chain 'B' and (resid 350 through 390 )	B	B	350 - 390	307 - 338
8	8	chain 'B' and (resid 391 through 497 )	B	B	391 - 497	339 - 438
9	9	chain 'C' and (resid 35 through 299 )	C	C	35 - 299	1 - 265
10	10	chain 'C' and (resid 300 through 349 )	C	C	300 - 349	266 - 306
11	11	chain 'C' and (resid 350 through 496 )	C	C	350 - 496	307 - 428

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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