[日本語] English
万見
- PDB-7xin: Crystal structure of DODC from Pseudomonas -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xin
タイトルCrystal structure of DODC from Pseudomonas
要素DOPA decarboxylase
キーワードLYASE / L-Dopa / Decarboxylase / Dopamine
機能・相同性
機能・相同性情報


aromatic-L-amino-acid decarboxylase / aromatic-L-amino-acid decarboxylase activity / carboxylic acid metabolic process / amino acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
dopa decarboxylase, N-terminal domain / dopa decarboxylase, N-terminal domain / Aromatic-L-amino-acid decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 ...dopa decarboxylase, N-terminal domain / dopa decarboxylase, N-terminal domain / Aromatic-L-amino-acid decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / DOPA decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Li, X. / Zhou, Y.L. / Liao, L.J. / Liu, X.K. / Liu, B. / Guo, Y. / Feng, Z. / Sun, D.Y. / Zeng, Z.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of DODC from Pseudomonas
著者: Li, X. / Zhou, Y.L. / Liao, L.J. / Liu, X.K. / Liu, B. / Guo, Y. / Feng, Z. / Sun, D.Y. / Zeng, Z.X.
履歴
登録2022年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DOPA decarboxylase
C: DOPA decarboxylase
E: DOPA decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,4026
ポリマ－156,6603
非ポリマー7413
水00
1
A: DOPA decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4672
ポリマ－52,2201
非ポリマー2471
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DOPA decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4672
ポリマ－52,2201
非ポリマー2471
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: DOPA decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4672
ポリマ－52,2201
非ポリマー2471
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.767, 67.014, 168.576
Angle α, β, γ (deg.)90.270, 92.380, 90.360
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 DOPA decarboxylase


分子量: 52220.074 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q88JU5, aromatic-L-amino-acid decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.35M Sodium acetate trihydrate,0.15M Sodium cacodylate trihydrate,30% w/v Polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月7日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→84.2144 Å / Num. obs: 137467 / % possible obs: 70.96 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 121077
反射 シェル解像度: 2.27→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.377 / Num. unique obs: 10325 / CC1/2: 0.949 / Rpim(I) all: 0.157 / Rrim(I) all: 0.409

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0123精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X3P

4x3p


解像度: 2→43.593 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 66.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5206 5767 4.83 %
Rwork0.4733 --
obs0.4755 119516 70.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.98 Å2 / Biso mean: 30.7844 Å2 / Biso min: 14.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→43.593 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10908 0 0 0 10908
残基数----1410

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る