PDB-7xif: Crystal structure of the aminopropyltransferase, SpeE from hypert...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xif

タイトル

Crystal structure of the aminopropyltransferase, SpeE from hyperthermophilic crenarchaeon, Pyrobaculum calidifontis in complex with 5'-methylthioadenosine (MTA) alone or together with spermidine or thermospermine

要素

Polyamine aminopropyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / POLYAMINE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

spermidine synthase / spermidine synthase activity / spermidine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrobaculum calidifontis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Mizohata, E. / Yasuda, Y.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Science and Technology	JPMJPR17GB	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	19H05780	日本
New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO)	JPNP18016	日本

引用

ジャーナル: Catalysts / 年: 2022
タイトル: Substrate Specificity of an Aminopropyltransferase and the Biosynthesis Pathway of Polyamines in the Hyperthermophilic Crenarchaeon Pyrobaculum calidifontis.
著者: Fukuda, W. / Osaki, M. / Yasuda, Y. / Hidese, R. / Higuchi, T. / Umezawa, N. / Fujiwara, S. / Mizohata, E.

履歴

登録	2022年4月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xif.cif.gz	707.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xif.ent.gz	580.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xif.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/7xif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/7xif	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xigC 7xihC 7xiiC 3anxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polyamine aminopropyltransferase

B: Polyamine aminopropyltransferase

C: Polyamine aminopropyltransferase

D: Polyamine aminopropyltransferase

E: Polyamine aminopropyltransferase

F: Polyamine aminopropyltransferase

G: Polyamine aminopropyltransferase

H: Polyamine aminopropyltransferase

I: Polyamine aminopropyltransferase

J: Polyamine aminopropyltransferase

K: Polyamine aminopropyltransferase

L: Polyamine aminopropyltransferase

ヘテロ分子

423 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polyamine aminopropyltransferase

F: Polyamine aminopropyltransferase

ヘテロ分子

C: Polyamine aminopropyltransferase

H: Polyamine aminopropyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
141 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Polyamine aminopropyltransferase

D: Polyamine aminopropyltransferase

E: Polyamine aminopropyltransferase

ヘテロ分子

G: Polyamine aminopropyltransferase

ヘテロ分子

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141 kDa, 4 ポリマー
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3

I: Polyamine aminopropyltransferase

L: Polyamine aminopropyltransferase

ヘテロ分子

K: Polyamine aminopropyltransferase

ヘテロ分子

J: Polyamine aminopropyltransferase

ヘテロ分子

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141 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	166.159, 166.159, 149.586
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	A	A	4 - 289	24 - 309
2	1	ARG	ARG	B	B	4 - 289	24 - 309
1	2	ARG	ARG	A	A	4 - 289	24 - 309
2	2	ARG	ARG	C	C	4 - 289	24 - 309
1	3	LEU	LEU	A	A	4 - 288	24 - 308
2	3	LEU	LEU	D	D	4 - 288	24 - 308
1	4	ARG	ARG	A	A	4 - 289	24 - 309
2	4	ARG	ARG	E	E	4 - 289	24 - 309
1	5	ARG	ARG	A	A	4 - 289	24 - 309
2	5	ARG	ARG	F	F	4 - 289	24 - 309
1	6	ARG	ARG	A	A	4 - 289	24 - 309
2	6	ARG	ARG	G	G	4 - 289	24 - 309
1	7	ARG	ARG	A	A	4 - 289	24 - 309
2	7	ARG	ARG	H	H	4 - 289	24 - 309
1	8	ARG	ARG	A	A	4 - 289	24 - 309
2	8	ARG	ARG	I	I	4 - 289	24 - 309
1	9	ARG	ARG	A	A	4 - 289	24 - 309
2	9	ARG	ARG	J	J	4 - 289	24 - 309
1	10	ARG	ARG	A	A	4 - 289	24 - 309
2	10	ARG	ARG	K	K	4 - 289	24 - 309
1	11	ARG	ARG	A	A	4 - 289	24 - 309
2	11	ARG	ARG	L	L	4 - 289	24 - 309
1	12	ARG	ARG	B	B	4 - 289	24 - 309
2	12	ARG	ARG	C	C	4 - 289	24 - 309
1	13	LEU	LEU	B	B	4 - 288	24 - 308
2	13	LEU	LEU	D	D	4 - 288	24 - 308
1	14	ARG	ARG	B	B	4 - 289	24 - 309
2	14	ARG	ARG	E	E	4 - 289	24 - 309
1	15	ARG	ARG	B	B	4 - 289	24 - 309
2	15	ARG	ARG	F	F	4 - 289	24 - 309
1	16	ARG	ARG	B	B	4 - 289	24 - 309
2	16	ARG	ARG	G	G	4 - 289	24 - 309
1	17	ARG	ARG	B	B	4 - 289	24 - 309
2	17	ARG	ARG	H	H	4 - 289	24 - 309
1	18	ARG	ARG	B	B	4 - 289	24 - 309
2	18	ARG	ARG	I	I	4 - 289	24 - 309
1	19	ARG	ARG	B	B	4 - 289	24 - 309
2	19	ARG	ARG	J	J	4 - 289	24 - 309
1	20	ARG	ARG	B	B	4 - 289	24 - 309
2	20	ARG	ARG	K	K	4 - 289	24 - 309
1	21	ARG	ARG	B	B	4 - 289	24 - 309
2	21	ARG	ARG	L	L	4 - 289	24 - 309
1	22	LEU	LEU	C	C	4 - 288	24 - 308
2	22	LEU	LEU	D	D	4 - 288	24 - 308
1	23	ARG	ARG	C	C	4 - 289	24 - 309
2	23	ARG	ARG	E	E	4 - 289	24 - 309
1	24	ARG	ARG	C	C	4 - 289	24 - 309
2	24	ARG	ARG	F	F	4 - 289	24 - 309
1	25	ARG	ARG	C	C	4 - 289	24 - 309
2	25	ARG	ARG	G	G	4 - 289	24 - 309
1	26	ARG	ARG	C	C	4 - 289	24 - 309
2	26	ARG	ARG	H	H	4 - 289	24 - 309
1	27	ARG	ARG	C	C	4 - 289	24 - 309
2	27	ARG	ARG	I	I	4 - 289	24 - 309
1	28	ARG	ARG	C	C	4 - 289	24 - 309
2	28	ARG	ARG	J	J	4 - 289	24 - 309
1	29	ARG	ARG	C	C	4 - 289	24 - 309
2	29	ARG	ARG	K	K	4 - 289	24 - 309
1	30	ARG	ARG	C	C	4 - 289	24 - 309
2	30	ARG	ARG	L	L	4 - 289	24 - 309
1	31	LEU	LEU	D	D	4 - 288	24 - 308
2	31	LEU	LEU	E	E	4 - 288	24 - 308
1	32	LEU	LEU	D	D	4 - 288	24 - 308
2	32	LEU	LEU	F	F	4 - 288	24 - 308
1	33	LEU	LEU	D	D	4 - 288	24 - 308
2	33	LEU	LEU	G	G	4 - 288	24 - 308
1	34	LEU	LEU	D	D	4 - 288	24 - 308
2	34	LEU	LEU	H	H	4 - 288	24 - 308
1	35	LEU	LEU	D	D	4 - 288	24 - 308
2	35	LEU	LEU	I	I	4 - 288	24 - 308
1	36	LEU	LEU	D	D	4 - 288	24 - 308
2	36	LEU	LEU	J	J	4 - 288	24 - 308
1	37	LEU	LEU	D	D	4 - 288	24 - 308
2	37	LEU	LEU	K	K	4 - 288	24 - 308
1	38	LEU	LEU	D	D	4 - 288	24 - 308
2	38	LEU	LEU	L	L	4 - 288	24 - 308
1	39	ARG	ARG	E	E	4 - 289	24 - 309
2	39	ARG	ARG	F	F	4 - 289	24 - 309
1	40	ARG	ARG	E	E	4 - 289	24 - 309
2	40	ARG	ARG	G	G	4 - 289	24 - 309
1	41	ARG	ARG	E	E	4 - 289	24 - 309
2	41	ARG	ARG	H	H	4 - 289	24 - 309
1	42	ARG	ARG	E	E	4 - 289	24 - 309
2	42	ARG	ARG	I	I	4 - 289	24 - 309
1	43	ARG	ARG	E	E	4 - 289	24 - 309
2	43	ARG	ARG	J	J	4 - 289	24 - 309
1	44	ARG	ARG	E	E	4 - 289	24 - 309
2	44	ARG	ARG	K	K	4 - 289	24 - 309
1	45	ARG	ARG	E	E	4 - 289	24 - 309
2	45	ARG	ARG	L	L	4 - 289	24 - 309
1	46	ARG	ARG	F	F	4 - 289	24 - 309
2	46	ARG	ARG	G	G	4 - 289	24 - 309
1	47	ARG	ARG	F	F	4 - 289	24 - 309
2	47	ARG	ARG	H	H	4 - 289	24 - 309
1	48	ARG	ARG	F	F	4 - 289	24 - 309
2	48	ARG	ARG	I	I	4 - 289	24 - 309
1	49	ARG	ARG	F	F	4 - 289	24 - 309
2	49	ARG	ARG	J	J	4 - 289	24 - 309
1	50	ARG	ARG	F	F	4 - 289	24 - 309
2	50	ARG	ARG	K	K	4 - 289	24 - 309
1	51	ARG	ARG	F	F	4 - 289	24 - 309
2	51	ARG	ARG	L	L	4 - 289	24 - 309
1	52	ARG	ARG	G	G	4 - 289	24 - 309
2	52	ARG	ARG	H	H	4 - 289	24 - 309
1	53	ARG	ARG	G	G	4 - 289	24 - 309
2	53	ARG	ARG	I	I	4 - 289	24 - 309
1	54	ARG	ARG	G	G	4 - 289	24 - 309
2	54	ARG	ARG	J	J	4 - 289	24 - 309
1	55	ARG	ARG	G	G	4 - 289	24 - 309
2	55	ARG	ARG	K	K	4 - 289	24 - 309
1	56	ARG	ARG	G	G	4 - 289	24 - 309
2	56	ARG	ARG	L	L	4 - 289	24 - 309
1	57	ARG	ARG	H	H	4 - 289	24 - 309
2	57	ARG	ARG	I	I	4 - 289	24 - 309
1	58	ARG	ARG	H	H	4 - 289	24 - 309
2	58	ARG	ARG	J	J	4 - 289	24 - 309
1	59	ARG	ARG	H	H	4 - 289	24 - 309
2	59	ARG	ARG	K	K	4 - 289	24 - 309
1	60	ARG	ARG	H	H	4 - 289	24 - 309
2	60	ARG	ARG	L	L	4 - 289	24 - 309
1	61	ARG	ARG	I	I	4 - 289	24 - 309
2	61	ARG	ARG	J	J	4 - 289	24 - 309
1	62	ARG	ARG	I	I	4 - 289	24 - 309
2	62	ARG	ARG	K	K	4 - 289	24 - 309
1	63	ARG	ARG	I	I	4 - 289	24 - 309
2	63	ARG	ARG	L	L	4 - 289	24 - 309
1	64	ARG	ARG	J	J	4 - 289	24 - 309
2	64	ARG	ARG	K	K	4 - 289	24 - 309
1	65	ARG	ARG	J	J	4 - 289	24 - 309
2	65	ARG	ARG	L	L	4 - 289	24 - 309
1	66	ARG	ARG	K	K	4 - 289	24 - 309
2	66	ARG	ARG	L	L	4 - 289	24 - 309

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Polyamine aminopropyltransferase / Putrescine aminopropyltransferase / PAPT / Spermidine synthase / SPDS / SPDSY 分子量: 34859.758 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum calidifontis (古細菌) / 株: DSM 21063 / JCM 11548 / VA1 / 遺伝子: speE, Pcal_0772 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3MU81, spermidine synthase
#2: 化合物	ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン分子量: 297.334 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₅O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン分子量: 145.246 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₉N₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-TER / N-(3-AMINO-PROPYL)-N-(5-AMINOPROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / THERMOSPERMINE / PA(334) / サ-モスペルミン分子量: 202.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₆N₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate, Sodium citrate, PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.498
1	1	K, H, -L	2	0.502

反射

解像度: 2.14→47.97 Å / Num. obs: 254276 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.2

反射シェル

解像度: 2.14→2.18 Å / Num. unique obs: 12626 / CC_1/2: 0.526

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ANX

3anx

解像度: 2.14→47.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 2.959 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1904	12860	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16024	-	-	-
obs	0.16176	241370	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.14→47.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27332	0	332	1206	28870

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	28388
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	27024
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.597	1.646	38587
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.386	1.579	62150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.886	5	3440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.076	21.627	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.048	15	4682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.009	15	208
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	3695
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	31875
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	6417
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.286	4.59	13751
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.286	4.59	13750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.678	6.872	17176
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.678	6.872	17177
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.211	5.061	14637
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.211	5.061	14637
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.552	7.382	21406
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.443	53.171	30254
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.445	53.125	30155
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9525	0.06
1	2	B	9525	0.06
2	1	A	9495	0.06
2	2	C	9495	0.06
3	1	A	9476	0.05
3	2	D	9476	0.05
4	1	A	9555	0.05
4	2	E	9555	0.05
5	1	A	9481	0.06
5	2	F	9481	0.06
6	1	A	9526	0.05
6	2	G	9526	0.05
7	1	A	9482	0.06
7	2	H	9482	0.06
8	1	A	9478	0.06
8	2	I	9478	0.06
9	1	A	9395	0.07
9	2	J	9395	0.07
10	1	A	9501	0.06
10	2	K	9501	0.06
11	1	A	9442	0.06
11	2	L	9442	0.06
12	1	B	9526	0.05
12	2	C	9526	0.05
13	1	B	9496	0.05
13	2	D	9496	0.05
14	1	B	9503	0.06
14	2	E	9503	0.06
15	1	B	9483	0.06
15	2	F	9483	0.06
16	1	B	9479	0.06
16	2	G	9479	0.06
17	1	B	9487	0.07
17	2	H	9487	0.07
18	1	B	9499	0.06
18	2	I	9499	0.06
19	1	B	9434	0.07
19	2	J	9434	0.07
20	1	B	9450	0.06
20	2	K	9450	0.06
21	1	B	9437	0.07
21	2	L	9437	0.07
22	1	C	9546	0.05
22	2	D	9546	0.05
23	1	C	9536	0.05
23	2	E	9536	0.05
24	1	C	9504	0.06
24	2	F	9504	0.06
25	1	C	9485	0.05
25	2	G	9485	0.05
26	1	C	9439	0.06
26	2	H	9439	0.06
27	1	C	9506	0.05
27	2	I	9506	0.05
28	1	C	9422	0.06
28	2	J	9422	0.06
29	1	C	9445	0.06
29	2	K	9445	0.06
30	1	C	9411	0.07
30	2	L	9411	0.07
31	1	D	9540	0.05
31	2	E	9540	0.05
32	1	D	9536	0.05
32	2	F	9536	0.05
33	1	D	9491	0.05
33	2	G	9491	0.05
34	1	D	9483	0.06
34	2	H	9483	0.06
35	1	D	9517	0.05
35	2	I	9517	0.05
36	1	D	9439	0.06
36	2	J	9439	0.06
37	1	D	9465	0.06
37	2	K	9465	0.06
38	1	D	9448	0.06
38	2	L	9448	0.06
39	1	E	9583	0.05
39	2	F	9583	0.05
40	1	E	9626	0.04
40	2	G	9626	0.04
41	1	E	9575	0.05
41	2	H	9575	0.05
42	1	E	9515	0.06
42	2	I	9515	0.06
43	1	E	9464	0.06
43	2	J	9464	0.06
44	1	E	9496	0.06
44	2	K	9496	0.06
45	1	E	9498	0.06
45	2	L	9498	0.06
46	1	F	9535	0.05
46	2	G	9535	0.05
47	1	F	9531	0.06
47	2	H	9531	0.06
48	1	F	9511	0.05
48	2	I	9511	0.05
49	1	F	9496	0.05
49	2	J	9496	0.05
50	1	F	9448	0.06
50	2	K	9448	0.06
51	1	F	9471	0.06
51	2	L	9471	0.06
52	1	G	9598	0.06
52	2	H	9598	0.06
53	1	G	9541	0.06
53	2	I	9541	0.06
54	1	G	9506	0.06
54	2	J	9506	0.06
55	1	G	9512	0.06
55	2	K	9512	0.06
56	1	G	9512	0.07
56	2	L	9512	0.07
57	1	H	9500	0.06
57	2	I	9500	0.06
58	1	H	9473	0.06
58	2	J	9473	0.06
59	1	H	9499	0.06
59	2	K	9499	0.06
60	1	H	9516	0.06
60	2	L	9516	0.06
61	1	I	9450	0.06
61	2	J	9450	0.06
62	1	I	9459	0.06
62	2	K	9459	0.06
63	1	I	9435	0.06
63	2	L	9435	0.06
64	1	J	9392	0.06
64	2	K	9392	0.06
65	1	J	9428	0.06
65	2	L	9428	0.06
66	1	K	9419	0.06
66	2	L	9419	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.14→2.196 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.473	981	-
R_work	0.462	17930	-
obs	-	-	99.78 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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