[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7xif: Crystal structure of the aminopropyltransferase, SpeE from hypert... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xif | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the aminopropyltransferase, SpeE from hyperthermophilic crenarchaeon, Pyrobaculum calidifontis in complex with 5'-methylthioadenosine (MTA) alone or together with spermidine or thermospermine | ||||||||||||
Components | Polyamine aminopropyltransferase | ||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / POLYAMINE BIOSYNTHESIS | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information spermidine synthase / spermidine synthase activity / spermidine biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Pyrobaculum calidifontis (archaea) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.14 Å | ||||||||||||
Authors | Mizohata, E. / Yasuda, Y. | ||||||||||||
Funding support | Japan, 3items
| ||||||||||||
Citation | Journal: Catalysts / Year: 2022 Title: Substrate Specificity of an Aminopropyltransferase and the Biosynthesis Pathway of Polyamines in the Hyperthermophilic Crenarchaeon Pyrobaculum calidifontis. Authors: Fukuda, W. / Osaki, M. / Yasuda, Y. / Hidese, R. / Higuchi, T. / Umezawa, N. / Fujiwara, S. / Mizohata, E. | ||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7xif.cif.gz | 707.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7xif.ent.gz | 580.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7xif.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7xif_validation.pdf.gz | 4.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7xif_full_validation.pdf.gz | 4.8 MB | Display | |
Data in XML | 7xif_validation.xml.gz | 131.7 KB | Display | |
Data in CIF | 7xif_validation.cif.gz | 183 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/7xif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/7xif | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7xigC 7xihC 7xiiC 3anxS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
|