[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7xif: Crystal structure of the aminopropyltransferase, SpeE from hypert... -
+
Open data
-
Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7xif | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the aminopropyltransferase, SpeE from hyperthermophilic crenarchaeon, Pyrobaculum calidifontis in complex with 5'-methylthioadenosine (MTA) alone or together with spermidine or thermospermine | ||||||||||||
Components | Polyamine aminopropyltransferase | ||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / POLYAMINE BIOSYNTHESIS | ||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationthermospermine synthase activity / spermidine synthase / spermidine synthase activity / spermidine biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
| Biological species | ![]() Pyrobaculum calidifontis (archaea) | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.14 Å | ||||||||||||
Authors | Mizohata, E. / Yasuda, Y. | ||||||||||||
| Funding support | Japan, 3items
| ||||||||||||
Citation | Journal: Catalysts / Year: 2022Title: Substrate Specificity of an Aminopropyltransferase and the Biosynthesis Pathway of Polyamines in the Hyperthermophilic Crenarchaeon Pyrobaculum calidifontis. Authors: Fukuda, W. / Osaki, M. / Yasuda, Y. / Hidese, R. / Higuchi, T. / Umezawa, N. / Fujiwara, S. / Mizohata, E. | ||||||||||||
| History |
|
-
Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
|---|
-
Downloads & links
-
Download
| PDBx/mmCIF format | 7xif.cif.gz | 707.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7xif.ent.gz | 580.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7xif.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/7xif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/7xif | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7xigC ![]() 7xihC ![]() 7xiiC ![]() 3anxS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
-
Links
-
Assembly
| Deposited unit | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 2 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
|
Movie
Controller
Components
About Yorodumi




Pyrobaculum calidifontis (archaea)
X-RAY DIFFRACTION
Japan, 3items
Citation



PDBj



