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- PDB-7xhz: Crystal structure of SAV2152 from MRSA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xhz
タイトルCrystal structure of SAV2152 from MRSA
要素Phosphatase, SAV2152
キーワードHYDROLASE / Phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase activity
類似検索 - 分子機能
Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 - #10 / Cof family / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cof-type HAD-IIB family hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Park, H.J. / Seok, S.H. / Kim, J.H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of SAV2152 from MRSA
著者: Park, H.J. / Seok, S.H. / Kim, J.H.
履歴
登録2022年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatase, SAV2152


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4951
ポリマ－26,4951
非ポリマー00
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.610, 63.060, 92.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-411-

HOH

21A-415-

HOH

31A-431-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phosphatase, SAV2152


分子量: 26494.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain Mu50 / ATCC 700699) (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: SAV2152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3JWK0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 17% PEG 8000, 0.1M CAPS pH 10.5, 0.3M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→27.76 Å / Num. obs: 24669 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 28.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/av σ(I): 13.3 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.92→1.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.85 / Num. unique obs: 24669 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.085 / % possible all: 99.91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158位相決定
HKL-2000データスケーリング
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.92→27.76 Å / SU ML: 0.1974 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.8549
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 1231 5 %
Rwork0.1877 23409 -
obs0.1892 24640 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→27.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1849 0 0 132 1981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01781884
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.43072542
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0716278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0106332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4054246
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-20.27861340.21822538X-RAY DIFFRACTION99.89
2-2.090.21671340.17712569X-RAY DIFFRACTION99.89
2.09-2.20.23261350.1762553X-RAY DIFFRACTION99.96
2.2-2.340.22941360.17632589X-RAY DIFFRACTION99.96
2.34-2.520.26691340.18072552X-RAY DIFFRACTION99.96
2.52-2.770.22641380.18822614X-RAY DIFFRACTION99.93
2.77-3.170.21461370.19682606X-RAY DIFFRACTION99.93
3.17-3.990.18191380.17832627X-RAY DIFFRACTION99.89
3.99-27.760.22031450.19492761X-RAY DIFFRACTION99.49
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.8237100586 Å / Origin y: 48.6700310918 Å / Origin z: 26.3773340167 Å
111213212223313233
T0.201439439695 Å2-0.000465165121821 Å2-0.0133507148967 Å2-0.207356174546 Å20.0414753453539 Å2--0.201167291452 Å2
L0.994261201189 °20.0327693207451 °2-0.306196080904 °2-1.05642591674 °20.511517036735 °2--0.798590592687 °2
S-0.0761820335987 Å °0.0136416678279 Å °-0.129773349008 Å °-0.0256057543052 Å °0.0194330890635 Å °-0.0342058822549 Å °0.0154738382588 Å °-0.0646727471409 Å °-0.00134100589817 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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