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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xhx | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of metallo-beta-lactamase IMP-6 | |||||||||
![]() | Beta-lactamase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Metallo-beta-lactamase / Carbapenemase / Zinc protein / Antimicrobial protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Yamamoto, K. / Tanaka, H. / Kurisu, G. / Nakano, R. / Yano, H. / Sakai, H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the substrate specificity of IMP-6 and IMP-1 metallo-beta-lactamases. 著者: Yamamoto, K. / Tanaka, H. / Kurisu, G. / Nakano, R. / Yano, H. / Sakai, H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 188.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 146.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xhwC ![]() 1ddkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27125.119 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.73 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.2 M ammonium acetate, 17% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 112203 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.76 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.73 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / Num. unique obs: 17827 / CC1/2: 0.941 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1DDK 解像度: 1.7→48.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.534 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.136 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.7→48.3 Å
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拘束条件 |
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