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- PDB-7xht: Structure of the OgeuIscB-omega RNA-target DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xht
タイトルStructure of the OgeuIscB-omega RNA-target DNA complex
要素
  • DNA (49-MER)
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*CP*AP*T)-3')
  • OgeuIscB
  • RNA (228-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / CRISPR-Cas9 / RNP / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノム)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Kato, K. / Okazaki, O. / Isayama, Y. / Ishikawa, J. / Nishizawa, T. / Nishimasu, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of the IscB-ωRNA ribonucleoprotein complex, the likely ancestor of CRISPR-Cas9.
著者: Kazuki Kato / Sae Okazaki / Soumya Kannan / Han Altae-Tran / F Esra Demircioglu / Yukari Isayama / Junichiro Ishikawa / Masahiro Fukuda / Rhiannon K Macrae / Tomohiro Nishizawa / Kira S ...著者: Kazuki Kato / Sae Okazaki / Soumya Kannan / Han Altae-Tran / F Esra Demircioglu / Yukari Isayama / Junichiro Ishikawa / Masahiro Fukuda / Rhiannon K Macrae / Tomohiro Nishizawa / Kira S Makarova / Eugene V Koonin / Feng Zhang / Hiroshi Nishimasu /
要旨: Transposon-encoded IscB family proteins are RNA-guided nucleases in the OMEGA (obligate mobile element-guided activity) system, and likely ancestors of the RNA-guided nuclease Cas9 in the type II ...Transposon-encoded IscB family proteins are RNA-guided nucleases in the OMEGA (obligate mobile element-guided activity) system, and likely ancestors of the RNA-guided nuclease Cas9 in the type II CRISPR-Cas adaptive immune system. IscB associates with its cognate ωRNA to form a ribonucleoprotein complex that cleaves double-stranded DNA targets complementary to an ωRNA guide segment. Although IscB shares the RuvC and HNH endonuclease domains with Cas9, it is much smaller than Cas9, mainly due to the lack of the α-helical nucleic-acid recognition lobe. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of an IscB protein from the human gut metagenome (OgeuIscB) in complex with its cognate ωRNA and a target DNA, at 2.6-Å resolution. This high-resolution structure reveals the detailed architecture of the IscB-ωRNA ribonucleoprotein complex, and shows how the small IscB protein assembles with the ωRNA and mediates RNA-guided DNA cleavage. The large ωRNA scaffold structurally and functionally compensates for the recognition lobe of Cas9, and participates in the recognition of the guide RNA-target DNA heteroduplex. These findings provide insights into the mechanism of the programmable DNA cleavage by the IscB-ωRNA complex and the evolution of the type II CRISPR-Cas9 effector complexes.
履歴
登録2022年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA (228-MER)
C: DNA (49-MER)
D: DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*CP*AP*T)-3')
A: OgeuIscB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,1137
ポリマ－149,8354
非ポリマー2783
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (49-MER)


分子量: 15092.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*CP*AP*T)-3')


分子量: 4281.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 BA

#1: RNA鎖 RNA (228-MER)


分子量: 73640.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 OgeuIscB


分子量: 56819.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 2種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Structure of the IscB-omegaRNA ribonucleoprotein complexCOMPLEX#40MULTIPLE SOURCES
2IscB-omegaRNACOMPLEX#41RECOMBINANT
3DNACOMPLEX#31MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: metagenome (メタゲノム)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 47.9 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 792405 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0038443
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.52912421
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.8742977
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0331529
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005776

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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