PDB-7xhr: Crystal structure of Wild Type Cypovirus Polyhedra produced by ce...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xhr

タイトル

Crystal structure of Wild Type Cypovirus Polyhedra produced by cell-free protein synthesis

要素

Polyhedrin

キーワード

VIRAL PROTEIN / cell-free crystallization / in cell crystal

機能・相同性

Cypovirus polyhedrin, Cypovirus 1 type / Cypovirus polyhedrin protein / viral occlusion body / host cell cytoplasm / ACETYL GROUP / Polyhedrin

機能・相同性情報

生物種

Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Abe, S. / Tanaka, J. / Kojima, M. / Hirata, K. / Yamashita, K. / Ueno, T.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Cell-free protein crystallization for nanocrystal structure determination.
著者: Abe, S. / Tanaka, J. / Kojima, M. / Kanamaru, S. / Hirata, K. / Yamashita, K. / Kobayashi, A. / Ueno, T.

履歴

登録	2022年4月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xhr.cif.gz	70.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xhr.ent.gz	47.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xhr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/7xhr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/7xhr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xhsC 7xwsC 5gqmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Polyhedrin

ヘテロ分子

28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polyhedrin

ヘテロ分子

x 12

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
341 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.610, 103.610, 103.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-536- HOH

#1: タンパク質	Polyhedrin / C-polyhedrin 分子量: 28361.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) 発現宿主: Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: P11041
#2: 化合物	ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 24.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: small tubes / 詳細: cell-free crystallization

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 17297 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 399 % / CC_1/2: 0.9899 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.81 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / Num. unique obs: 414 / CC_1/2: 0.5326
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PHENIX	1.18.2	精密化
CrystFEL		データスケーリング
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5gqm

5gqm

解像度: 1.801→42.299 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 3.227 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.128

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.184	1742	10.071 %
R_work	0.1495	15555	-
all	0.153	-	-
obs	-	17297	99.988 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.194 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.801→42.299 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2006	0	4	139	2149

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.53	1.642	2804
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.398	1.572	4108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.366	5	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.342	22.269	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.359	15	326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.503	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	473
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	361
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	1609
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	996
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	903
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.219	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	183
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.963	1.515	991
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.961	1.514	990
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.389	2.267	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.389	2.268	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.633	1.715	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.635	1.714	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.511	2.496	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.511	2.496	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.389	17.663	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.318	17.574	2299

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	WR_factor R_work
1.801-1.848	0.287	130	0.292	1158	0.291	1288	0.832	0.832	0.282
1.848-1.898	0.312	123	0.247	1086	0.253	1209	0.874	0.876	0.229
1.898-1.953	0.275	119	0.226	1088	0.23	1207	0.875	0.894	0.203
1.953-2.013	0.263	116	0.192	1034	0.199	1150	0.888	0.918	0.167
2.013-2.079	0.171	115	0.166	1014	0.166	1129	0.944	0.939	0.144
2.079-2.152	0.208	113	0.16	988	0.165	1101	0.939	0.946	0.136
2.152-2.233	0.183	105	0.153	956	0.156	1061	0.946	0.952	0.132
2.233-2.324	0.187	100	0.137	911	0.142	1011	0.955	0.963	0.119
2.324-2.427	0.16	100	0.129	887	0.133	987	0.965	0.969	0.112
2.427-2.545	0.19	90	0.136	817	0.141	907	0.957	0.965	0.119
2.545-2.682	0.21	94	0.13	818	0.138	912	0.944	0.965	0.113
2.682-2.844	0.164	84	0.129	750	0.133	834	0.963	0.971	0.114
2.844-3.039	0.163	81	0.126	719	0.13	800	0.964	0.975	0.113
3.039-3.281	0.154	77	0.127	672	0.129	749	0.971	0.976	0.113
3.281-3.592	0.134	66	0.119	625	0.121	691	0.981	0.982	0.111
3.592-4.012	0.154	60	0.109	553	0.113	613	0.974	0.983	0.106
4.012-4.626	0.134	58	0.124	509	0.125	567	0.981	0.984	0.126
4.626-5.649	0.153	48	0.147	428	0.147	476	0.978	0.982	0.151
5.649-7.919	0.208	39	0.176	333	0.179	372	0.966	0.97	0.172
7.919-42.299	0.203	24	0.195	209	0.196	233	0.962	0.968	0.2

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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