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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xhj | ||||||
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Title | Crystal structure of RuvC from Deinococcus radiodurans | ||||||
![]() | Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / nuclease / DNA repair / Homologous recombination / Holliday junction resolvase | ||||||
Function / homology | ![]() crossover junction endodeoxyribonuclease / crossover junction DNA endonuclease activity / DNA recombination / nucleic acid binding / DNA repair / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Qin, C. / Zhao, Y. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and Functional Characterization of the Holliday Junction Resolvase RuvC from Deinococcus radiodurans. Authors: Qin, C. / Han, W. / Xu, Y. / Zhao, Y. / Xu, H. / Tian, B. / Wang, L. / Hua, Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 129.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 99 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 439.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 444.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 14.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 19.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1hjrS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 19681.842 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Catalytic core Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 Gene: ruvC, DR_0440 / Plasmid: pET28a / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q9RX75, crossover junction endodeoxyribonuclease #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 Details: ammonium sulfate, BIS-TRIS, Polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 9, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→27.54 Å / Num. obs: 42426 / % possible obs: 94.7 % / Redundancy: 3.772 % / Biso Wilson estimate: 19.93 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 16.52 / Num. measured all: 160024 / Scaling rejects: 185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1HJR Resolution: 1.6→27.54 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.95 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 99.92 Å2 / Biso mean: 31.6299 Å2 / Biso min: 11.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→27.54 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 17.9966 Å / Origin y: -10.5586 Å / Origin z: 12.2749 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |