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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xhg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the NTF2L domain of human G3BP1 in complex with the Caprin-1 derived peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Complex / Stress granules / Lipid-lipid phase separation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA/RNA helicase activity / positive regulation of stress granule assembly / ribosomal small subunit binding / positive regulation of type I interferon production / stress granule assembly / DNA helicase activity / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cytoplasmic stress granule / perikaryon ...DNA/RNA helicase activity / positive regulation of stress granule assembly / ribosomal small subunit binding / positive regulation of type I interferon production / stress granule assembly / DNA helicase activity / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cytoplasmic stress granule / perikaryon / endonuclease activity / defense response to virus / ヘリカーゼ / Ras protein signal transduction / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / ribonucleoprotein complex / focal adhesion / 自然免疫系 / mRNA binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å | ||||||
データ登録者 | Dan, S. / Weimin, G. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Yin and yang regulation of stress granules by Caprin-1. 著者: Song, D. / Kuang, L. / Yang, L. / Wang, L. / Li, H. / Li, X. / Zhu, Z. / Shi, C. / Zhu, H. / Gong, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xhg.cif.gz | 121.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xhg.ent.gz | 95.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xhg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/7xhg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/7xhg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7xhfC 4fcjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15899.076 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: G3BP1, G3BP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13283, ヘリカーゼ, ヘリカーゼ #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1227.386 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 30 % w/v Polyethylene glycol 8,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→85.88 Å / Num. obs: 21506 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.971 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 28.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 1065 / CC1/2: 0.818 / Rpim(I) all: 0.333 / Rrim(I) all: 0.629 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4fcj 解像度: 2.46→85.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 12.939 / SU ML: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.706 / ESU R Free: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.24 Å2 / Biso mean: 39.622 Å2 / Biso min: 16.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.46→85.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.46→2.519 Å / Rfactor Rfree error: 0
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