PDB-7xh0: crystal structure of Csn-PD from Paenibacillus dendritiformis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xh0

タイトル

crystal structure of Csn-PD from Paenibacillus dendritiformis

要素

Chitosanase

キーワード

HYDROLASE / chitosanase GH46 family

機能・相同性

機能・相同性情報

chitosanase / chitosanase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenibacillus dendritiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Sun, H.H. / Cheng, Y.M. / Cao, R. / Liu, Q. / Zhao, L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of Csn-PD from Paenibacillus dendritiformis
著者: Sun, H.H. / Cheng, Y.M. / Cao, R. / Liu, Q. / Zhao, L.

履歴

登録	2022年4月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xh0.cif.gz	75.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xh0.ent.gz	50.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xh0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/7xh0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/7xh0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2d05S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Chitosanase

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.510, 73.138, 99.975
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Chitosanase 分子量: 34357.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paenibacillus dendritiformis (バクテリア) 遺伝子: DOE73_06680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2W4GVN6, chitosanase
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Citric acid pH3.5, 25% PEG3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.18071 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.18071 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→44.72 Å / Num. obs: 28796 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 21.7
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / R_merge(I) obs: 0.446 / Num. unique obs: 1417

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2d05

2d05

解像度: 1.68→44.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 1.993 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.097 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1951	1455	5.058 %
R_work	0.1497	27311	-
all	0.152	-	-
obs	-	28766	99.244 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.494 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.846 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.079 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.767 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→44.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2030	0	17	238	2285

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.639	1.646	2850
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.557	1.598	4529
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.718	5	265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.463	24.091	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.945	15	375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.218	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2440
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	494
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	486
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	1932
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	932
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	194
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.116	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.242	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.656	1.966	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.63	1.964	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.269	2.943	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.27	2.945	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.022	2.314	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.021	2.316	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.6	3.304	1547
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.598	3.306	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.576	24.775	2629
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.496	24.262	2575

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.724	0.249	95	0.206	1965	X-RAY DIFFRACTION	97.5379
1.724-1.771	0.256	89	0.2	1939	X-RAY DIFFRACTION	98.2558
1.771-1.822	0.192	90	0.174	1886	X-RAY DIFFRACTION	98.5536
1.822-1.878	0.228	104	0.175	1807	X-RAY DIFFRACTION	98.7597
1.878-1.94	0.264	101	0.166	1794	X-RAY DIFFRACTION	99.2147
1.94-2.008	0.181	101	0.154	1706	X-RAY DIFFRACTION	99.4496
2.008-2.083	0.218	84	0.154	1683	X-RAY DIFFRACTION	99.2697
2.083-2.168	0.18	97	0.145	1591	X-RAY DIFFRACTION	99.3526
2.168-2.264	0.175	101	0.141	1527	X-RAY DIFFRACTION	99.7549
2.264-2.375	0.177	71	0.133	1501	X-RAY DIFFRACTION	99.5567
2.375-2.503	0.195	66	0.136	1425	X-RAY DIFFRACTION	99.7992
2.503-2.654	0.216	56	0.139	1361	X-RAY DIFFRACTION	99.8591
2.654-2.837	0.204	53	0.136	1269	X-RAY DIFFRACTION	99.9244
2.837-3.063	0.201	69	0.149	1177	X-RAY DIFFRACTION	99.9198
3.063-3.354	0.217	63	0.156	1100	X-RAY DIFFRACTION	99.9141
3.354-3.748	0.188	76	0.144	969	X-RAY DIFFRACTION	99.809
3.748-4.324	0.134	56	0.122	878	X-RAY DIFFRACTION	99.5736
4.324-5.286	0.187	37	0.145	764	X-RAY DIFFRACTION	100
5.286-7.434	0.241	24	0.187	608	X-RAY DIFFRACTION	99.842
7.434-44.72	0.2	22	0.158	361	X-RAY DIFFRACTION	99.2228

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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