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- PDB-7xgt: Crystal structure of rice OsRNase ZS1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xgt
タイトルCrystal structure of rice OsRNase ZS1
要素RNase ZS1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNase ZS1 / tRNA repair / Zinc
機能・相同性Beta-lactamase superfamily domain / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta / Nuclear ribonuclease Z
機能・相同性情報
生物種Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Mao, Y. / Gao, F. / Chen, Y.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0509903 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of rice OsRNase ZS1
著者: Mao, Y. / Gao, F. / Chen, Y.H.
履歴
登録2022年4月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNase ZS1
B: RNase ZS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4898
ポリマ－67,1032
非ポリマー3866
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area23520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.368, 83.148, 87.147
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.560, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-635-

HOH

21A-640-

HOH

31B-571-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RNase ZS1 / Putative nuclear ribonuclease Z


分子量: 33551.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P0VGC7
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 100 mM Na-citrate pH 5.5, 100 mM KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: N2 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→32.952 Å / Num. obs: 64632 / % possible obs: 98.92 % / 冗長度: 15.2 % / Biso Wilson estimate: 23.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 1.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 6404 / CC1/2: 0.778 / CC star: 0.935 / Rpim(I) all: 0.362 / % possible all: 98.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14rc2_3191精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→32.952 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 3175 4.91 %
Rwork0.1723 61457 -
obs0.1736 64632 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 165.08 Å2 / Biso mean: 38.046 Å2 / Biso min: 13.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→32.952 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4320 0 12 215 4547
Biso mean--60.9 38.15 -
残基数----543
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7-1.72490.30831570.2925263098
1.7249-1.75180.31821270.2707263299
1.7518-1.78060.29231470.2556268399
1.7806-1.81130.27311400.2431261698
1.8113-1.84420.2361270.2202267499
1.8442-1.87970.22521380.2068268399
1.8797-1.9180.24011300.1946264899
1.918-1.95970.23631420.1904269799
1.9597-2.00530.21141330.176268199
2.0053-2.05540.2061600.1777261199
2.0554-2.1110.22011580.1816268099
2.111-2.17310.23331410.1745263398
2.1731-2.24320.20131300.1675270199
2.2432-2.32340.21461380.15812670100
2.3234-2.41640.21081170.1723269599
2.4164-2.52630.20081230.1645271099
2.5263-2.65950.18341420.1638265499
2.6595-2.8260.18621360.1701263397
2.826-3.04410.2121360.1737268899
3.0441-3.35010.181350.17392709100
3.3501-3.83430.19841420.1622269299
3.8343-4.82830.16181410.1402269699
4.8283-32.9520.19541350.1719274198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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