[日本語] English
万見
- PDB-7xgs: Short vegetative phase protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xgs
タイトルShort vegetative phase protein
要素MADS-box protein SVP
キーワードGENE REGULATION / helix-loop-helix / RNA / plant phenotype
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of flower development / flower development / response to temperature stimulus / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription ...negative regulation of flower development / flower development / response to temperature stimulus / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, K-box / K-box region / K-box domain profile. / : / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS
類似検索 - ドメイン・相同性
MADS-box protein SVP
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Liao, Y.-T. / Wang, H.-C. / Ko, T.-P.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)110-2313-B-002-042 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The PHYL1 effector of peanut witches broom (PnWB) phytoplasma alters the miR156/157-mediated squamosa promoter binding protein like regulation and gibberellic acid generation to promote ...タイトル: The PHYL1 effector of peanut witches broom (PnWB) phytoplasma alters the miR156/157-mediated squamosa promoter binding protein like regulation and gibberellic acid generation to promote anthocyanin biosynthesis
著者: Pan, Z.-J. / Huang, Y.-C. / Cheng, H.-P. / Lin, C.-P. / Liao, Y.-T. / Ko, T.-P. / Wang, H.-C. / Lin, S.-S.
履歴
登録2022年4月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MADS-box protein SVP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8593
ポリマ－12,7341
非ポリマー1242
水1,27971
1
A: MADS-box protein SVP
ヘテロ分子

A: MADS-box protein SVP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7176
ポリマ－25,4692
非ポリマー2484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area10410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.617, 116.440, 50.274
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Space group name HallC22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z
#8: -x+1/2,-y+1/2,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

EDO

21A-202-

EDO

31A-337-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 MADS-box protein SVP / Protein SHORT VEGETATIVE PHASE


分子量: 12734.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SVP, At2g22540, F14M13.6
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9FVC1
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Na-citrate, PEG 8000, ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 6460 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 26.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 52.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique obs: 598

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.21→20 Å / SU ML: 0.1772 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.0079 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2332 318 5.01 %
Rwork0.1881 8574 -
obs0.1904 6367 74.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数564 0 8 71 643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025571
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5313751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005997
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.7374371
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.21-2.290.321250.247513X-RAY DIFFRACTION42
2.53-3.180.25861520.21412905X-RAY DIFFRACTION75.99
3.18-200.22262020.17293818X-RAY DIFFRACTION99.31
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9897077477570.0325825256522-0.3895551326661.87352625613-1.605221408875.39809478145-0.499044565842-1.446992448760.7460170325391.048309845040.3687221139920.287311082831-0.9671388035160.0308617530788-0.06096755876330.3063471136640.1668038997150.2015608400170.627696650777-0.1253286243870.1341494546286.6624873457334.393317486352.1791297233
23.25540087838-2.52110762626-1.176567918748.061817534542.078664453081.040230797470.290186005210.2566940057310.228663907664-0.4110646072070.0067946049875-1.25488418285-0.1061985416150.431573519212-0.09263077790980.2455946472720.0842711535811-0.02477657073110.280365662934-0.03731027498550.18893237605519.805808721617.984968776933.8043896607
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 25 through 51 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 52 through 94 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る