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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xgm | ||||||
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タイトル | Quinolinate Phosphoribosyl Transferase (QAPRTase) from Streptomyces pyridomyceticus NRRL B-2517 in complex with Quinolinic Acid (QA) | ||||||
![]() | Quinolinate Phosphoribosyl Transferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / nicotinamide adenine dinucleotide / pyridomycin / quinolinic acid | ||||||
機能・相同性 | QUINOLINIC ACID![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhou, Z. / Yang, X. / Huang, T. / Wang, X. / Liang, R. / Zheng, J. / Dai, S. / Lin, S. / Deng, Z. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Bifunctional NadC Homologue PyrZ Catalyzes Nicotinic Acid Formation in Pyridomycin Biosynthesis. 著者: Zhou, Z. / Yang, X. / Huang, T. / Zheng, J. / Deng, Z. / Dai, S. / Lin, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 146.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 478.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 483 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xglC ![]() 7xgnC ![]() 1qpoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 32412.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 39分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NTM.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NTM.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.18 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M Citric acid, pH 5.0, 1.6M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→19.13 Å / Num. obs: 23442 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 51.79 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.98 Å / Num. unique obs: 1164 / CC1/2: 0.903 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1QPO 解像度: 2.85→19.13 Å / SU ML: 0.3885 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.0663 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→19.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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