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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xgl | ||||||
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タイトル | Quinolinate Phosphoribosyl Transferase (QAPRTase) from Streptomyces pyridomyceticus NRRL B-2517 in Apo form | ||||||
要素 | Quinolinate Phosphoribosyl Transferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / nicotinamide adenine dinucleotide / pyridomycin / quinolinic acid | ||||||
機能・相同性 | hexanedioic acid / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces pyridomyceticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, Z. / Yang, X. / Huang, T. / Wang, X. / Liang, R. / Zheng, J. / Dai, S. / Lin, S. / Deng, Z. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2023 タイトル: Bifunctional NadC Homologue PyrZ Catalyzes Nicotinic Acid Formation in Pyridomycin Biosynthesis. 著者: Zhou, Z. / Yang, X. / Huang, T. / Zheng, J. / Deng, Z. / Dai, S. / Lin, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xgl.cif.gz | 156.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xgl.ent.gz | 98.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xgl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xgl_validation.pdf.gz | 484.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xgl_full_validation.pdf.gz | 489.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7xgl_validation.xml.gz | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xgl_validation.cif.gz | 36.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/7xgl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/7xgl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xgmC 7xgnC 1qpoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 32412.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces pyridomyceticus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-非ポリマー , 6種, 298分子
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-0L1 / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-144 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M Citric acid, pH 5.0, 1.6M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.11→37.73 Å / Num. obs: 58249 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 27.63 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.11→2.14 Å / Num. unique obs: 5409 / CC1/2: 0.838 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1QPO 解像度: 2.11→37.73 Å / SU ML: 0.212 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.4934 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.11→37.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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