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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xgc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of influenza polymerase acidic subunit N-terminal domain crystallized by ammonium sulfate with glycan | ||||||
![]() | Polymerase acidic protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / endo-nuclease | ||||||
機能・相同性 | ![]() cRNA Synthesis / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / vRNA Synthesis ...cRNA Synthesis / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / vRNA Synthesis / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / vRNP Assembly / Viral Messenger RNA Synthesis / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / Viral mRNA Translation / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guo, Y. / Hoshino, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Influence of Glycan Agents on Protein Crystallization with Ammonium Sulfate 著者: Guo, Y. / Hoshino, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xgqC ![]() 4zqqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22300.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A/Puerto Rico/8/1934 H1N1 / 遺伝子: PA / プラスミド: pET50b / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P03433, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.15 % / Mosaicity: 0.15 ° |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 0.1M MES, 1.275M Ammonium Sulfate, 0.1M POTASSIUM CHLORIDE, 9%(v/v) TREHALOSE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月17日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→46.79 Å / Num. obs: 37623 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 29.43 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 23 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1.174 / Num. unique obs: 1755 / CC1/2: 0.522 / Rpim(I) all: 0.495 / Rrim(I) all: 1.282 / % possible all: 96.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4ZQQ 解像度: 1.6→37.536 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.97 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.14 Å2 / Biso mean: 34.8614 Å2 / Biso min: 19.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→37.536 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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