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- PDB-7xgb: Crystal structure of the ctcP from Streptomyces aureofaciens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xgb
タイトルCrystal structure of the ctcP from Streptomyces aureofaciens
要素Tetracycline 7-halogenase
キーワードFLAVOPROTEIN / ctcP / Streptomyces aureofaciens
機能・相同性tetracycline 7-halogenase / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / antibiotic biosynthetic process / FAD binding / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / oxidoreductase activity / Tetracycline 7-halogenase
機能・相同性情報
生物種Kitasatospora aureofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Yin, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Crystal structure determination of the halogenase CtcP from Streptomyces aureofaciens.
著者: Yin, L.
履歴
登録2022年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetracycline 7-halogenase
B: Tetracycline 7-halogenase
C: Tetracycline 7-halogenase
D: Tetracycline 7-halogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,1924
ポリマ－254,1924
非ポリマー00
水5,188288
1
A: Tetracycline 7-halogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5481
ポリマ－63,5481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tetracycline 7-halogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5481
ポリマ－63,5481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tetracycline 7-halogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5481
ポリマ－63,5481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tetracycline 7-halogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5481
ポリマ－63,5481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.393, 121.281, 179.194
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 15 through 320 or resid 322 through 542))
21(chain B and (resid 15 through 320 or resid 322 through 542))
31(chain C and (resid 15 through 320 or resid 322 through 542))
41(chain D and (resid 15 through 320 or resid 322 through 542))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROARGARG(chain A and (resid 15 through 320 or resid 322 through 542))AA15 - 32016 - 321
12GLNGLNALAALA(chain A and (resid 15 through 320 or resid 322 through 542))AA322 - 542323 - 543
21PROPROARGARG(chain B and (resid 15 through 320 or resid 322 through 542))BB15 - 32016 - 321
22GLNGLNALAALA(chain B and (resid 15 through 320 or resid 322 through 542))BB322 - 542323 - 543
31PROPROARGARG(chain C and (resid 15 through 320 or resid 322 through 542))CC15 - 32016 - 321
32GLNGLNALAALA(chain C and (resid 15 through 320 or resid 322 through 542))CC322 - 542323 - 543
41PROPROARGARG(chain D and (resid 15 through 320 or resid 322 through 542))DD15 - 32016 - 321
42GLNGLNALAALA(chain D and (resid 15 through 320 or resid 322 through 542))DD322 - 542323 - 543

-
要素

#1: タンパク質
Tetracycline 7-halogenase / FADH2-dependent halogenase


分子量: 63547.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kitasatospora aureofaciens (バクテリア)
遺伝子: ctcP, cts4, B6264_18525, HS99_0013305 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1E7MYN1, tetracycline 7-halogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M BIS-TRIS pH 6.0, 0.2M Magnesium sulfate heptahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 70271 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.8 % / Biso Wilson estimate: 37.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 1038277
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.7-2.814.90.81269090.9961100
2.8-2.9114.90.60469431.0531100
2.91-3.0414.90.44569351.0991100
3.04-3.214.90.34469611.0451100
3.2-3.414.90.24369601.0591100
3.4-3.6614.90.18270311.0381100
3.66-4.0314.90.1469961.0041100
4.03-4.6214.80.11270411.0021100
4.62-5.8114.60.12371141.0651100
5.81-50140.08273811.0561100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→48.8 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2243 2010 2.86 %
Rwork0.1763 68152 -
obs0.1777 70162 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 219.15 Å2 / Biso mean: 38.3277 Å2 / Biso min: 14.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→48.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17042 0 0 288 17330
Biso mean---33.08 -
残基数----2138
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6204X-RAY DIFFRACTION5.125TORSIONAL
12B6204X-RAY DIFFRACTION5.125TORSIONAL
13C6204X-RAY DIFFRACTION5.125TORSIONAL
14D6204X-RAY DIFFRACTION5.125TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.770.32921540.23374677483197
2.77-2.840.28881290.225748194948100
2.84-2.930.25411470.223248324979100
2.93-3.020.30151450.224648004945100
3.02-3.130.27161330.221648374970100
3.13-3.250.28121420.199948294971100
3.25-3.40.25891410.191448554996100
3.4-3.580.24521420.192148434985100
3.58-3.810.23551470.16748725019100
3.81-4.10.21721380.149148795017100
4.1-4.510.17131460.140748795025100
4.51-5.160.15721440.134649075051100
5.16-6.50.18151470.170849815128100
6.5-48.80.20291550.166151425297100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.8502 Å / Origin y: 23.324 Å / Origin z: 29.9692 Å
111213212223313233
T0.1825 Å20.0206 Å20.0227 Å2-0.116 Å2-0.0271 Å2--0.1847 Å2
L0.2061 °20.0533 °2-0.0016 °2-0.0025 °2-0.0598 °2--0.156 °2
S0.0005 Å °-0.0098 Å °0.0162 Å °-0.0052 Å °0.0065 Å °-0.0076 Å °0.0125 Å °-0.0086 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA15 - 551
2X-RAY DIFFRACTION1allB15 - 542
3X-RAY DIFFRACTION1allC7 - 550
4X-RAY DIFFRACTION1allD15 - 543
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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