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万見
- PDB-7xga: NMR strucutre of chimeric protein for model of PHD-Stella complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xga
タイトルNMR strucutre of chimeric protein for model of PHD-Stella complex
要素Chimera of E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 and Developmental pluripotency-associated protein 3
キーワードTRANSCRIPTION / zinc-finger / complex / chimeric model / DNA methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / epigenetic programing of female pronucleus / histone H3 ubiquitin ligase activity / hemi-methylated DNA-binding / embryonic cleavage / regulation of epithelial cell proliferation / methyl-CpG binding / male pronucleus / female pronucleus ...: / : / epigenetic programing of female pronucleus / histone H3 ubiquitin ligase activity / hemi-methylated DNA-binding / embryonic cleavage / regulation of epithelial cell proliferation / methyl-CpG binding / male pronucleus / female pronucleus / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / mitotic spindle assembly / protein autoubiquitination / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / heterochromatin / heterochromatin formation / methylated histone binding / positive regulation of protein metabolic process / replication fork / euchromatin / RING-type E3 ubiquitin transferase / nuclear matrix / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / histone binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / DNA repair / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Developmental pluripotency-associated protein 3 / PGC7/Stella/Dppa3 domain / : / UHRF1, tandem tudor domain / UHRF1/2-like / Tandem tudor domain within UHRF1 / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. ...Developmental pluripotency-associated protein 3 / PGC7/Stella/Dppa3 domain / : / UHRF1, tandem tudor domain / UHRF1/2-like / Tandem tudor domain within UHRF1 / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / PUA-like superfamily / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / PHD-finger / Ring finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Developmental pluripotency-associated protein 3 / E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Kobayashi, N. / Konuma, T. / Arita, K.
資金援助 日本, 6件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H02392 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H05294 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H05741 日本
Japan Science and Technology14530337 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19J22030 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18K06152 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the unique multifaceted interaction of DPPA3 with the UHRF1 PHD finger.
著者: Hata, K. / Kobayashi, N. / Sugimura, K. / Qin, W. / Haxholli, D. / Chiba, Y. / Yoshimi, S. / Hayashi, G. / Onoda, H. / Ikegami, T. / Mulholland, C.B. / Nishiyama, A. / Nakanishi, M. / ...著者: Hata, K. / Kobayashi, N. / Sugimura, K. / Qin, W. / Haxholli, D. / Chiba, Y. / Yoshimi, S. / Hayashi, G. / Onoda, H. / Ikegami, T. / Mulholland, C.B. / Nishiyama, A. / Nakanishi, M. / Leonhardt, H. / Konuma, T. / Arita, K.
履歴
登録2022年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年3月22日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimera of E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 and Developmental pluripotency-associated protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7784
ポリマ－14,5821
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Chimera of E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 and Developmental pluripotency-associated protein 3 / RING-type E3 ubiquitin transferase UHRF1 / Ubiquitin-like PHD and RING finger domain-containing ...RING-type E3 ubiquitin transferase UHRF1 / Ubiquitin-like PHD and RING finger domain-containing protein 1 / mUhrf1 / Ubiquitin-like-containing PHD and RING finger domains protein 1


分子量: 14581.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Uhrf1, Dppa3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8VDF2, UniProt: Q8QZY3, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
232isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CO)CA
161isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D CBCA(CO)NH
181isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
292isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic13D H(CCO)NH
1121isotropic13D C(CO)NH
1131isotropic13D 1H-15N NOESY
1141isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
2152isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1161isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.66 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PHD_Stella, 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2OPHD_Stella90% H2O/10% D2O
solution20.66 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PHD_Stella, 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 100% D2OPHD_Stella_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.66 mMPHD_Stella[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
0.66 mMPHD_Stella[U-100% 13C; U-100% 15N]2
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
150 mMPHD_Stella7.0 1 atm293 K
250 mMPHD_Stella_D2O7.0 pD1 atm293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
NMRPipe2017Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
MAGRO2.01.41Kobayashi, N.peak picking
NMRViewJ9Johnson, B. J.データ解析
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Amber12Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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