PDB-7xg9: Crystal structural of methylenetetrahydrofolate reductase from Sp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xg9

タイトル

Crystal structural of methylenetetrahydrofolate reductase from Sphingobium sp. SYK-6

要素

5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CH3-THF oxidation / Non-NADH/NAD+ binding type / TIM barrel / FLAVOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) / methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) activity / methionine biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion / FAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Yu, H.Y. / Senda, M. / Senda, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structural of methylenetetrahydrofolate reductase from Sphingobium sp. SYK-6
著者: Yu, H.Y. / Senda, T.

履歴

登録	2022年4月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xg9.cif.gz	150.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xg9.ent.gz	104.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xg9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/7xg9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/7xg9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xlfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

B: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

ヘテロ分子

64.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
32.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.056, 168.117, 45.424
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.551, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	5,10-methylenetetrahydrofolate reductase 分子量: 31362.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア) 株: NBRC 103272 / SYK-6 / 遺伝子: metF, SLG_12750 / プラスミド: pET44a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: G2IQS8, methylenetetrahydrofolate reductase [NAD(P)H]
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 638 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.32 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 20% (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 4.5 / Temp details: 4 degC

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 2.7 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 2.7 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→42.35 Å / Num. obs: 84735 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 14.52 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.034 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 4091 / CC_1/2: 0.913 / R_pim(I) all: 0.215 / R_rim(I) all: 0.322 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→34.92 Å / SU ML: 0.1427 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.6977 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2036	4170	4.92 %
R_work	0.18	80501	-
obs	0.1812	84671	99.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→34.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4300	0	120	638	5058

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0055	4555
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8423	6209
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0557	702
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	792
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.428	1715

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.2501	141	0.2207	2569	X-RAY DIFFRACTION	95.46
1.52-1.53	0.2484	160	0.2097	2647	X-RAY DIFFRACTION	98.7
1.53-1.55	0.2278	124	0.1973	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.55-1.57	0.2294	139	0.1882	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.57-1.59	0.2048	152	0.1799	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.59-1.62	0.24	147	0.1872	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.62-1.64	0.2238	105	0.1846	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.64-1.66	0.2062	146	0.1848	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.66-1.69	0.22	125	0.1902	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.69-1.72	0.246	149	0.1863	2592	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.72-1.75	0.219	128	0.1812	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.78	0.2069	141	0.1896	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.78-1.81	0.2258	159	0.1859	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.81-1.85	0.2015	116	0.1919	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.85-1.89	0.22	141	0.1927	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.89-1.93	0.2057	143	0.1816	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.98	0.2267	129	0.184	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.98-2.04	0.186	141	0.1802	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.04-2.1	0.2295	109	0.1748	2754	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.1-2.16	0.1976	153	0.1789	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.16-2.24	0.1841	143	0.1742	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.24-2.33	0.2119	160	0.1843	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.33-2.44	0.2047	136	0.1816	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.44-2.56	0.223	144	0.1961	2626	X-RAY DIFFRACTION	98.86
2.56-2.73	0.1976	127	0.1944	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.73-2.94	0.2121	139	0.193	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.94-3.23	0.2005	140	0.181	2673	X-RAY DIFFRACTION	98.77
3.23-3.7	0.1895	163	0.1686	2673	X-RAY DIFFRACTION	98.88
3.7-4.66	0.1796	139	0.155	2686	X-RAY DIFFRACTION	98.74

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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