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- PDB-7xfy: Crystal structure of the ternary complex of Peptidoglycan recogni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xfy
タイトルCrystal structure of the ternary complex of Peptidoglycan recognition protein, PGRP-S with hexanoic and tartaric acids at 2.67 A resolution.
要素Peptidoglycan recognition protein 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / CPGRP-S / PGRP-S / Peptidoglycan Recognition Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan immune receptor activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan binding / negative regulation of cytokine production / detection of bacterium / peptidoglycan catabolic process / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan recognition protein, PGRP-S / Peptidoglycan recognition protein family domain, metazoa/bacteria / Peptidoglycan recognition protein / Animal peptidoglycan recognition proteins homologous to Bacteriophage T3 lysozyme. / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANOIC ACID / ACETATE ION / L(+)-TARTARIC ACID / Peptidoglycan recognition protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Maurya, A. / Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the ternary complex of Peptidoglycan recognition protein, PGRP-S with hexanoic and tartaric acids at 2.67 A resolution.
著者: Maurya, A. / Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2022年4月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2022年5月11日ID: 6JX8
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan recognition protein 1
B: Peptidoglycan recognition protein 1
C: Peptidoglycan recognition protein 1
D: Peptidoglycan recognition protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,17117
ポリマ－76,0464
非ポリマー1,12513
水6,287349
1
A: Peptidoglycan recognition protein 1
B: Peptidoglycan recognition protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3957
ポリマ－38,0232
非ポリマー3725
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Peptidoglycan recognition protein 1
D: Peptidoglycan recognition protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,77710
ポリマ－38,0232
非ポリマー7548
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.583, 101.026, 163.412
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-317-

HOH

21C-350-

HOH

31D-341-

HOH

41D-388-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Peptidoglycan recognition protein 1 / Peptidoglycan recognition protein short / PGRP-S


分子量: 19011.459 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
参照: UniProt: Q9GK12

-
非ポリマー , 7種, 362分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-6NA / HEXANOIC ACID / ヘキサン酸


分子量: 116.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% PEG 3350 0.2M Sodium potassium tartrate 20% Glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月7日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→85.93 Å / Num. obs: 19639 / % possible obs: 91.49 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.67→2.71 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.718 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 1087 / CC1/2: 0.776 / Rpim(I) all: 0.367 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DWF

5dwf


解像度: 2.67→85.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 15.846 / SU ML: 0.309 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.408 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2657 961 4.893 %
Rwork0.1754 18678 -
all0.18 --
obs-19639 91.502 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 33.021 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.176 Å2-0 Å20 Å2
2--0.169 Å2-0 Å2
3---0.007 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→85.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5203 0 73 349 5625
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0135415
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.651.6537361
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2641.57211150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7885660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.44819.506324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.93615804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9281564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2662
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21196
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2060.25050
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.22596
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0830.22520
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0410.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.220.218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.20.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1750.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0533.3682655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0493.3672654
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7865.033309
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7865.0323310
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5923.762760
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5913.762761
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6315.4864052
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.635.4874053
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.03363.66425067
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other10.03363.66225066
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.67-2.7390.405660.3481087X-RAY DIFFRACTION74.1479
2.739-2.8140.359570.2911097X-RAY DIFFRACTION75.8213
2.814-2.8960.358490.2361113X-RAY DIFFRACTION78.4605
2.896-2.9850.311540.2211112X-RAY DIFFRACTION81.0848
2.985-3.0820.312550.2121119X-RAY DIFFRACTION84.0974
3.082-3.190.302690.211143X-RAY DIFFRACTION89.7113
3.19-3.3110.346560.2031240X-RAY DIFFRACTION97.3704
3.311-3.4460.284560.1841186X-RAY DIFFRACTION99.5192
3.446-3.5990.281560.1741150X-RAY DIFFRACTION99.6694
3.599-3.7740.219660.1571098X-RAY DIFFRACTION99.4872
3.774-3.9780.238580.1481032X-RAY DIFFRACTION99.4526
3.978-4.2180.28530.1481007X-RAY DIFFRACTION99.7178
4.218-4.5090.202510.139929X-RAY DIFFRACTION99.4924
4.509-4.8690.21520.137864X-RAY DIFFRACTION99.5652
4.869-5.3320.274440.16817X-RAY DIFFRACTION99.5376
5.332-5.9590.31370.157738X-RAY DIFFRACTION99.6144
5.959-6.8750.301290.153661X-RAY DIFFRACTION98.9957
6.875-8.4060.192240.13565X-RAY DIFFRACTION99.6616
8-100.114100.114270X-RAY DIFFRACTION95.8904
8.406-11.8320.135190.113450X-RAY DIFFRACTION98.9451

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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