PDB-7xfw: Crystal structure of the ternary complex of Peptidoglycan recogni...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xfw

タイトル

Crystal structure of the ternary complex of Peptidoglycan recognition protein, PGRP-S with hexanoic and tartaric acids at 2.07 A resolution.

要素

Peptidoglycan recognition protein 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / CPGRP-S / PGRP-S

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan immune receptor activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan binding / negative regulation of cytokine production / detection of bacterium / peptidoglycan catabolic process / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Maurya, A. / Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2022
タイトル: Structure of the complex of camel peptidoglycan recognition protein-S with hexanoic acid reveals novel features of the versatile ligand-binding site at the dimeric interface.
著者: Maurya, A. / Sharma, P. / Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2022年4月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2022年5月11日	ID: 6J3W
改定 1.0	2022年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xfw.cif.gz	156.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xfw.ent.gz	119.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xfw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xfw_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xfw_full_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示
XML形式データ	7xfw_validation.xml.gz	32.3 KB	表示
CIF形式データ	7xfw_validation.cif.gz	45.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/7xfw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/7xfw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dwfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidoglycan recognition protein 1

B: Peptidoglycan recognition protein 1

C: Peptidoglycan recognition protein 1

D: Peptidoglycan recognition protein 1

ヘテロ分子

77.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidoglycan recognition protein 1

B: Peptidoglycan recognition protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Peptidoglycan recognition protein 1

D: Peptidoglycan recognition protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.889, 101.508, 162.996
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-341- HOH
2	1	C-362- HOH
3	1	D-319- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Peptidoglycan recognition protein 1 / Peptidoglycan recognition protein short / PGRP-S 分子量: 19011.459 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) 参照: UniProt: Q9GK12

-
非ポリマー , 7種, 482分子

#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-6NA / HEXANOIC ACID / ヘキサン酸分子量: 116.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 10% PEG 3350 0.2M Sodium potassium tartrate 20% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月7日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→46.36 Å / Num. obs: 45175 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 6.94 % / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 8.13
反射シェル	解像度: 2.07→2.12 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1297 / CC_1/2: 0.869 / R_pim(I) all: 0.433 / % possible all: 99.79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DWF

5dwf

解像度: 2.07→46.358 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 7.577 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.195 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2576	1297	2.871 %
R_work	0.1998	43877	-
all	0.202	-	-
obs	-	45174	99.817 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.018 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.021 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→46.358 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5203	0	81	467	5751

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	5428
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	4850
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.498	1.653	7377
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.351	1.572	11172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.39	5	660
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.479	19.508	325
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.165	15	805
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.04	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	663
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6218
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	5039
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	2653
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	2300
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	360
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.134	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.16	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.71	3.676	2657
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.709	3.675	2656
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.878	5.495	3309
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.877	5.496	3310
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.157	4.064	2771
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.156	4.064	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.877	5.95	4068
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.877	5.95	4069
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.74	44.199	6351
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.738	44.199	6351

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.07-2.123	0.394	94	0.356	3173	X-RAY DIFFRACTION	99.7862
2.123-2.182	0.351	92	0.331	3129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.182-2.245	0.374	90	0.317	3050	X-RAY DIFFRACTION	99.9045
2.245-2.314	0.348	87	0.285	2938	X-RAY DIFFRACTION	99.7034
2.314-2.389	0.325	85	0.262	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.389-2.473	0.306	82	0.249	2786	X-RAY DIFFRACTION	99.9651
2.473-2.566	0.316	79	0.223	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.566-2.67	0.352	77	0.239	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.6253
2.67-2.789	0.383	73	0.254	2496	X-RAY DIFFRACTION	99.8834
2.789-2.924	0.356	70	0.233	2360	X-RAY DIFFRACTION	100
2.924-3.082	0.223	67	0.196	2264	X-RAY DIFFRACTION	100
3.082-3.268	0.248	64	0.18	2144	X-RAY DIFFRACTION	99.9547
3.268-3.492	0.209	59	0.174	2026	X-RAY DIFFRACTION	99.5227
3.492-3.77	0.175	56	0.16	1893	X-RAY DIFFRACTION	99.7952
3.77-4.127	0.241	51	0.157	1723	X-RAY DIFFRACTION	99.3281
4.127-4.61	0.196	47	0.144	1601	X-RAY DIFFRACTION	99.8788
4.61-5.314	0.196	42	0.154	1409	X-RAY DIFFRACTION	99.3155
5.314-6.487	0.248	36	0.174	1198	X-RAY DIFFRACTION	99.8382
6.487-9.086	0.177	28	0.149	970	X-RAY DIFFRACTION	100
8-10	0.212	18	0.162	586	X-RAY DIFFRACTION	99.67

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