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- PDB-7xfu: MucP PDZ2 domain with peptide GPAVLA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xfu
タイトルMucP PDZ2 domain with peptide GPAVLA
要素Putative zinc metalloprotease PA3649,peptide GPAVLA
キーワードLYASE / MucP / alginate biosynthesis / Pseudomonas aeruginosa PAO1 / Crystal structure.
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase / Peptidase M50 / Peptidase family M50 / PDZ domain / PDZ domain 6 / PDZ domain / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative zinc metalloprotease PA3649
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Lou, X. / Li, S. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800627 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870053 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: MucP PDZ2 domain with peptide GPAVLA
著者: Lou, X. / Li, S. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
履歴
登録2022年4月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative zinc metalloprotease PA3649,peptide GPAVLA
B: Putative zinc metalloprotease PA3649,peptide GPAVLA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5862
ポリマ－19,5862
非ポリマー00
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.865, 34.865, 114.467
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Putative zinc metalloprotease PA3649,peptide GPAVLA / MucP


分子量: 9793.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PDZ2 domain with peptide GPAVLA
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: PA3649 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HXY3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 2.0M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 20550 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 13.42 Å2 / Rpim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.53→1.56 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 982 / Rpim(I) all: 0.161 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7XFT

7xft


解像度: 1.53→34.87 Å / SU ML: 0.1437 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 23.1309
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 2001 9.85 %
Rwork0.1876 18307 -
obs0.191 20308 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→34.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1344 0 0 255 1599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00651364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91851848
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0613216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.2221202
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.53-1.570.28491250.22961135X-RAY DIFFRACTION89.11
1.57-1.610.23531410.20411296X-RAY DIFFRACTION97.03
1.61-1.660.26111440.19711329X-RAY DIFFRACTION99.39
1.66-1.710.2361450.2061295X-RAY DIFFRACTION99.93
1.71-1.770.27041360.19271334X-RAY DIFFRACTION99.73
1.77-1.840.21921450.20071338X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.930.25411410.18921311X-RAY DIFFRACTION100
1.93-2.030.25061440.19291317X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.160.21591450.18741331X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.320.22741440.1841328X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.560.21751490.19661294X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.930.24441520.19561341X-RAY DIFFRACTION99.87
2.93-3.690.19791440.1721317X-RAY DIFFRACTION99.8
3.69-34.870.17691460.17411341X-RAY DIFFRACTION99.73
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.98260343042 Å / Origin y: 11.7661269481 Å / Origin z: -9.0064713531 Å
111213212223313233
T0.102478107497 Å2-0.0173195676047 Å20.00624710620276 Å2-0.0979541672383 Å2-0.00510279805126 Å2--0.107026611841 Å2
L0.0447551964294 °20.0350116365069 °20.0215113088224 °2-0.0442649864934 °20.0167114149925 °2--0.202294212242 °2
S-0.00122611841199 Å °-0.00887282163776 Å °-0.00608460174342 Å °-0.0097590694434 Å °-0.00187115764962 Å °0.00983098531982 Å °0.0070476649024 Å °-0.00997428159988 Å °-0.00787751109099 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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