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- PDB-7xft: MucP PDZ2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xft
タイトルMucP PDZ2 domain
要素Putative zinc metalloprotease PA3649
キーワードLYASE / MucP / alginate biosynthesis / Pseudomonas aeruginosa PAO1 / Crystal structure.
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase / Peptidase M50 / Peptidase family M50 / PDZ domain / PDZ domain 6 / PDZ domain / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
VALINE / Putative zinc metalloprotease PA3649
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Lou, X. / Li, S. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800627 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870053 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: MucP PDZ2 domain
著者: Lou, X. / Li, S. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
履歴
登録2022年4月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative zinc metalloprotease PA3649
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5747
ポリマ－9,3421
非ポリマー2326
水2,414134
1
A: Putative zinc metalloprotease PA3649
ヘテロ分子

A: Putative zinc metalloprotease PA3649
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,14714
ポリマ－18,6832
非ポリマー46412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area1840 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area10070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.312, 70.660, 50.376
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Putative zinc metalloprotease PA3649 / MucP


分子量: 9341.611 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ2 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA3649 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HXY3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-VAL / VALINE / バリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 117.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 8000, 0.1M sodium arsenate, 0.2M thiamine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→50 Å / Num. obs: 27025 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 13.24 Å2 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 48.2
反射 シェル解像度: 1.21→1.23 Å / 冗長度: 10.5 % / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique obs: 1320 / Rpim(I) all: 0.091 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ID2

3id2


解像度: 1.21→24.66 Å / SU ML: 0.1134 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.2961
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1881 1977 7.41 %
Rwork0.1666 24708 -
obs0.1682 26685 98.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.21→24.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数632 0 13 136 781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079646
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9693872
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08499
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0154118
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.532294
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.21-1.240.18421320.17421648X-RAY DIFFRACTION93.24
1.24-1.270.1991380.16631707X-RAY DIFFRACTION95.6
1.27-1.310.19491380.15971699X-RAY DIFFRACTION96.13
1.31-1.350.17611380.15271729X-RAY DIFFRACTION97.14
1.35-1.40.19751370.15181722X-RAY DIFFRACTION97.79
1.4-1.460.20881400.15041746X-RAY DIFFRACTION98.23
1.46-1.530.19431400.14541764X-RAY DIFFRACTION98.6
1.53-1.610.1671420.14261788X-RAY DIFFRACTION99.13
1.61-1.710.16691420.14781771X-RAY DIFFRACTION99.69
1.71-1.840.17921420.1561779X-RAY DIFFRACTION99.84
1.84-2.020.18191460.1561811X-RAY DIFFRACTION99.9
2.02-2.320.15571430.15771806X-RAY DIFFRACTION99.85
2.32-2.920.20561480.17251835X-RAY DIFFRACTION99.8
2.92-24.660.19941510.18621903X-RAY DIFFRACTION99.52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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