+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xf2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cry-EM structure of vp51 in white spot syndrome virus capsid | ||||||
![]() | Capsid protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Complex / C14 / capsid / disc | ||||||
機能・相同性 | viral envelope / DNA binding / Capsid protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å | ||||||
![]() | Shan, H. / Shen, Q.T. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: structure of vp51 in white spot syndrome virus capsid 著者: Hong, S. / Shen, Q.T. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 153.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 121.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 33168MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51965.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: white spot syndrome virus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: YES |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: uranyl acetate |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
撮影 | 電子線照射量: 1.25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 153916 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|