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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xf1 | ||||||
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タイトル | Crystal strucutre of apoCasDinG in complex with ssDNA | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN/DNA / Nuclease / STRUCTURAL PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, J.T. / Cui, N. / Liu, Y.R. / Huang, H.D. / Jia, N. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Type IV-A CRISPR-Csf complex: Assembly, dsDNA targeting, and CasDinG recruitment. 著者: Ning Cui / Jun-Tao Zhang / Yongrui Liu / Yanhong Liu / Xiao-Yu Liu / Chongyuan Wang / Hongda Huang / Ning Jia / ![]() 要旨: Type IV CRISPR-Cas systems, which are primarily found on plasmids and exhibit a strong plasmid-targeting preference, are the only one of the six known CRISPR-Cas types for which the mechanistic ...Type IV CRISPR-Cas systems, which are primarily found on plasmids and exhibit a strong plasmid-targeting preference, are the only one of the six known CRISPR-Cas types for which the mechanistic details of their function remain unknown. Here, we provide high-resolution functional snapshots of type IV-A Csf complexes before and after target dsDNA binding, either in the absence or presence of CasDinG, revealing the mechanisms underlying Csf complex assembly, "DWN" PAM-dependent dsDNA targeting, R-loop formation, and CasDinG recruitment. Furthermore, we establish that CasDinG, a signature DinG family helicase, harbors ssDNA-stimulated ATPase activity and ATP-dependent 5'-3' DNA helicase activity. In addition, we show that CasDinG unwinds the non-target strand (NTS) and target strand (TS) of target dsDNA from the Csf complex. These molecular details advance our mechanistic understanding of type IV-A CRISPR-Csf function and should enable Csf complexes to be harnessed as genome-engineering tools for biotechnological applications. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 248.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 200.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xexC ![]() 7xf0C ![]() 7xfzC ![]() 7xg0C ![]() 7xg2C ![]() 7xg3C ![]() 7xg4C ![]() 6fwrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67939.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence based on database WP_088922490.1 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3301.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ssDNA12 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.84 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.0, 1.6M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→40 Å / Num. obs: 18489 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18 % / Biso Wilson estimate: 67.91 Å2 / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / Num. unique obs: 1797 / CC1/2: 0.575 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6FWR 解像度: 3.2→25.46 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.63 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 152.81 Å2 / Biso mean: 66.265 Å2 / Biso min: 29.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.2→25.46 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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