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万見
- PDB-7xf1: Crystal strucutre of apoCasDinG in complex with ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xf1
タイトルCrystal strucutre of apoCasDinG in complex with ssDNA
要素
  • CasDinG
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/DNA / Nuclease / STRUCTURAL PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhang, J.T. / Cui, N. / Liu, Y.R. / Huang, H.D. / Jia, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Type IV-A CRISPR-Csf complex: Assembly, dsDNA targeting, and CasDinG recruitment.
著者: Ning Cui / Jun-Tao Zhang / Yongrui Liu / Yanhong Liu / Xiao-Yu Liu / Chongyuan Wang / Hongda Huang / Ning Jia /
要旨: Type IV CRISPR-Cas systems, which are primarily found on plasmids and exhibit a strong plasmid-targeting preference, are the only one of the six known CRISPR-Cas types for which the mechanistic ...Type IV CRISPR-Cas systems, which are primarily found on plasmids and exhibit a strong plasmid-targeting preference, are the only one of the six known CRISPR-Cas types for which the mechanistic details of their function remain unknown. Here, we provide high-resolution functional snapshots of type IV-A Csf complexes before and after target dsDNA binding, either in the absence or presence of CasDinG, revealing the mechanisms underlying Csf complex assembly, "DWN" PAM-dependent dsDNA targeting, R-loop formation, and CasDinG recruitment. Furthermore, we establish that CasDinG, a signature DinG family helicase, harbors ssDNA-stimulated ATPase activity and ATP-dependent 5'-3' DNA helicase activity. In addition, we show that CasDinG unwinds the non-target strand (NTS) and target strand (TS) of target dsDNA from the Csf complex. These molecular details advance our mechanistic understanding of type IV-A CRISPR-Csf function and should enable Csf complexes to be harnessed as genome-engineering tools for biotechnological applications.
履歴
登録2022年3月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32026年3月4日Group: Refinement description / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CasDinG
B: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2412
ポリマ－71,2412
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area26740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.181, 111.181, 152.736
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 CasDinG


分子量: 67939.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence based on database WP_088922490.1 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 3301.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ssDNA12 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.84 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.0, 1.6M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→40 Å / Num. obs: 18489 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18 % / Biso Wilson estimate: 67.91 Å2 / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Num. unique obs: 1797 / CC1/2: 0.575

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.20.1-4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FWR

6fwr


解像度: 3.2→25.46 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2355 795 5.17 %
Rwork0.2074 14585 -
obs0.2089 15380 83.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 152.81 Å2 / Biso mean: 66.265 Å2 / Biso min: 29.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→25.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4542 217 0 0 4759
残基数----605
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.40.36681010.29522231233278
3.4-3.660.26261400.23382426256684
3.66-4.030.27511410.2262616275790
4.03-4.610.19851670.18542632279992
4.61-5.80.20581330.19472579271288
5.8-25.460.21671130.18012101221469
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1672-0.07550.48461.22760.43652.4647-0.0048-0.0844-0.0003-0.0969-0.01890.0291-0.0607-0.2208-0.00820.280.08350.04210.330.03180.358764.7062-19.0551-35.4196
20.0147-0.0798-0.15970.4470.85991.7239-0.2797-0.123-0.12690.2407-0.08060.4725-0.0582-0.2050.17920.63610.0326-0.00960.51670.09830.596659.555-18.0356-28.1122
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 4 through 625)A4 - 625
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 11)B1 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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