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- PDB-7xey: EDS1-PAD4 complexed with pRib-ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xey
タイトルEDS1-PAD4 complexed with pRib-ADP
要素
  • Lipase-like PAD4
  • Protein EDS1
キーワードPLANT PROTEIN / EDS1 / PAD4 / pRib-ADP
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to trehalose stimulus / regulation of salicylic acid biosynthetic process / positive regulation of camalexin biosynthetic process / positive regulation of defense response to insect / regulation of salicylic acid mediated signaling pathway / positive regulation of salicylic acid mediated signaling pathway / negative regulation of ethylene-activated signaling pathway / aerenchyma formation / negative regulation of defense response / EDS1 disease-resistance complex ...cellular response to trehalose stimulus / regulation of salicylic acid biosynthetic process / positive regulation of camalexin biosynthetic process / positive regulation of defense response to insect / regulation of salicylic acid mediated signaling pathway / positive regulation of salicylic acid mediated signaling pathway / negative regulation of ethylene-activated signaling pathway / aerenchyma formation / negative regulation of defense response / EDS1 disease-resistance complex / regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway / defense response to insect / leaf abscission / response to insect / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / response to salicylic acid / plant-type hypersensitive response / ethylene-activated signaling pathway / leaf senescence / response to singlet oxygen / positive regulation of defense response to bacterium / lipase activity / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / response to other organism / response to UV-C / lipid catabolic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / chloroplast / response to bacterium / lipid metabolic process / transferase activity / defense response to Gram-negative bacterium / response to hypoxia / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EDS1, EP domain / EDS1-like / Enhanced disease susceptibility 1 protein EP domain / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose / Lipase-like PAD4 / Protein EDS1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Huang, S. / Jia, A. / Xiao, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Identification and receptor mechanism of TIR-catalyzed small molecules in plant immunity.
著者: Shijia Huang / Aolin Jia / Wen Song / Giuliana Hessler / Yonggang Meng / Yue Sun / Lina Xu / Henriette Laessle / Jan Jirschitzka / Shoucai Ma / Yu Xiao / Dongli Yu / Jiao Hou / Ruiqi Liu / ...著者: Shijia Huang / Aolin Jia / Wen Song / Giuliana Hessler / Yonggang Meng / Yue Sun / Lina Xu / Henriette Laessle / Jan Jirschitzka / Shoucai Ma / Yu Xiao / Dongli Yu / Jiao Hou / Ruiqi Liu / Huanhuan Sun / Xiaohui Liu / Zhifu Han / Junbiao Chang / Jane E Parker / Jijie Chai /
要旨: Plant nucleotide-binding leucine-rich repeat-containing (NLR) receptors with an N-terminal Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain sense pathogen effectors to enable TIR-encoded nicotinamide adenine ...Plant nucleotide-binding leucine-rich repeat-containing (NLR) receptors with an N-terminal Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain sense pathogen effectors to enable TIR-encoded nicotinamide adenine dinucleotide hydrolase (NADase) activity for immune signaling. TIR-NLR signaling requires the helper NLRs N requirement gene 1 (NRG1), Activated Disease Resistance 1 (ADR1), and Enhanced Disease Susceptibility 1 (EDS1), which forms a heterodimer with each of its paralogs Phytoalexin Deficient 4 (PAD4) and Senescence-Associated Gene 101 (SAG101). Here, we show that TIR-containing proteins catalyze the production of 2'-(5''-phosphoribosyl)-5'-adenosine monophosphate (pRib-AMP) and diphosphate (pRib-ADP) in vitro and in planta. Biochemical and structural data demonstrate that EDS1-PAD4 is a receptor complex for pRib-AMP and pRib-ADP, which allosterically promote EDS1-PAD4 interaction with ADR1-L1 but not NRG1A. Our study identifies TIR-catalyzed pRib-AMP and pRib-ADP as a missing link in TIR signaling through EDS1-PAD4 and as likely second messengers for plant immunity.
履歴
登録2022年3月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22022年8月10日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein EDS1
B: Lipase-like PAD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,6185
ポリマ－132,8392
非ポリマー7793
水10,989610
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area46620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.357, 91.863, 94.271
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.790, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein EDS1 / Enhanced disease susceptibility 1


分子量: 71784.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: EDS1, EDS1-90, EDS1A, At3g48090, T17F15.40
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9SU72
#2: タンパク質 Lipase-like PAD4 / Protein ENHANCED DISEASE SUSCEPTIBILITY 9 / Protein PHYTOALEXIN DEFICIENT 4 / AtPAD4


分子量: 61054.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PAD4, EDS9, At3g52430, F22O6.190
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9S745, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

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糖 , 1種, 1分子

#4: 糖 ChemComp-RP5 / 5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose / [(2R,3S,4S,5R)-3,4,5-TRIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / 5-O-phosphono-beta-D-ribose / 5-O-phosphono-D-ribose / 5-O-phosphono-ribose / β-D-リボフラノ-ス5-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
b-D-Ribf5PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 3種, 612分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.04 M citric acid, 0.06 M Bis-Tris propane pH 6.4, 20% w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 57868 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.149 / Χ2: 1.108 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 368298
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.29-2.334.50.69428500.7660.3530.7831.04298
2.33-2.375.20.65129190.80.3070.7231.00499.4
2.37-2.425.60.61229290.8510.2780.6741.01699.2
2.42-2.4760.57528450.890.2530.631.01298.9
2.47-2.526.40.54428900.90.2320.5931.03198.8
2.52-2.586.50.51229200.9180.2150.5561.00398.9
2.58-2.646.50.47928490.9290.2010.521.02898.5
2.64-2.726.50.41428820.9370.1740.451.08298
2.72-2.795.90.35128090.9490.1550.3851.07296
2.79-2.896.70.29928790.9610.1240.3241.05699
2.89-2.996.90.26129180.9730.1060.2821.09499.4
2.99-3.116.90.21629060.980.0880.2331.11199.5
3.11-3.256.90.17129360.9880.070.1851.11998.6
3.25-3.426.80.1428890.990.0570.1511.17398.4
3.42-3.636.30.11828110.9910.0510.1291.22995.8
3.63-3.926.80.128940.9950.0410.1081.34198.8
3.92-4.3170.07529600.9970.030.0811.23999.8
4.31-4.936.80.06329060.9970.0260.0681.22698.4
4.93-6.216.40.06428950.9970.0270.071.10697.2
6.21-506.60.04429810.9990.0190.0481.06598.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4nfu

4nfu


解像度: 2.29→46.07 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2325 1992 3.45 %
Rwork0.1844 55769 -
obs0.186 57761 97.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.53 Å2 / Biso mean: 39.8435 Å2 / Biso min: 15.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→46.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9097 0 48 610 9755
Biso mean--30.12 38.33 -
残基数----1133
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.29-2.340.31521280.25323767389593
2.34-2.410.3321380.24884016415499
2.41-2.480.3051510.22764004415599
2.48-2.560.24271400.22153992413299
2.56-2.650.29321460.22293992413899
2.65-2.760.26591420.21733949409198
2.76-2.880.26811310.20843974410598
2.88-3.030.2691480.211240414189100
3.03-3.220.26421450.20813993413899
3.22-3.470.2611530.19524003415698
3.47-3.820.20351240.17163948407297
3.82-4.380.21421530.153440774230100
4.38-5.510.18171460.14483974412097
5.51-46.070.16871470.14964039418697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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