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- PDB-7xei: SARS-CoV-2-prototyped-RBD and CB6-092-Fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xei
タイトルSARS-CoV-2-prototyped-RBD and CB6-092-Fab complex
要素
  • CB6-092-Fab heavy chain
  • CB6-092-Fab light chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / complex / antibody / receptor / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Wang, Y. / Feng, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171274 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: SARS-CoV-2-prototyped-RBD and CB6-092-Fab complex
著者: Wang, Y. / Feng, Y.
履歴
登録2022年3月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
B: Spike protein S1
C: CB6-092-Fab heavy chain
D: CB6-092-Fab light chain
E: CB6-092-Fab heavy chain
F: CB6-092-Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,8126
ポリマ－148,8126
非ポリマー00
水00
1
A: Spike protein S1
C: CB6-092-Fab heavy chain
D: CB6-092-Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4063
ポリマ－74,4063
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area27000 Å2
手法PISA
2
B: Spike protein S1
E: CB6-092-Fab heavy chain
F: CB6-092-Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4063
ポリマ－74,4063
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area26860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.046, 112.197, 101.741
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 333 through 527)
21chain B
12chain C
22(chain E and (resid 1 through 136 or resid 139 through 218))
13chain D
23chain F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRPROPRO(chain A and resid 333 through 527)AA333 - 52715 - 209
211THRTHRPROPROchain BBB333 - 52715 - 209
112GLUGLUGLUGLUchain CCC1 - 2181 - 218
212GLUGLUSERSER(chain E and (resid 1 through 136 or resid 139 through 218))EE1 - 1361 - 136
222GLYGLYGLUGLU(chain E and (resid 1 through 136 or resid 139 through 218))EE139 - 218139 - 218
113ASPASPGLUGLUchain DDD1 - 2151 - 215
213ASPASPGLUGLUchain FFF1 - 2151 - 215

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 25763.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 CB6-092-Fab heavy chain


分子量: 25044.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 CB6-092-Fab light chain


分子量: 23598.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Ammonium nitrate, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→74.61 Å / Num. obs: 41517 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 53.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.76→2.91 Å / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 4309

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7C01

7c01


解像度: 2.76→49.95 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2629 2011 4.85 %
Rwork0.2153 39460 -
obs0.2176 41471 91.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 185.76 Å2 / Biso mean: 61.5672 Å2 / Biso min: 29.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.76→49.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9648 0 0 0 9648
残基数----1255
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1178X-RAY DIFFRACTION4.827TORSIONAL
12B1178X-RAY DIFFRACTION4.827TORSIONAL
21C1294X-RAY DIFFRACTION4.827TORSIONAL
22E1294X-RAY DIFFRACTION4.827TORSIONAL
31D1298X-RAY DIFFRACTION4.827TORSIONAL
32F1298X-RAY DIFFRACTION4.827TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.76-2.830.41891380.32352932307096
2.83-2.910.32741700.28342941311196
2.91-2.990.33221380.26722961309996
2.99-3.090.3671660.26832984315098
3.09-3.20.30231310.26623068319998
3.2-3.330.30321520.24832983313598
3.33-3.480.3152850.2471650173554
3.48-3.660.30181390.23682534267383
3.66-3.890.28091230.24012386250977
3.89-4.190.28391530.20332890304394
4.19-4.620.23551650.16572943310896
4.62-5.280.19161480.16853043319198
5.28-6.650.23461450.19533060320598
6.66-49.950.20591580.1953085324398
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.6898 Å / Origin y: -19.5424 Å / Origin z: 12.5092 Å
111213212223313233
T0.2535 Å20.0247 Å20.0479 Å2-0.4025 Å2-0.0399 Å2--0.5061 Å2
L0.2872 °2-0.0103 °2-0.0401 °2-0.157 °2-0.0109 °2--0.2744 °2
S-0.0104 Å °-0.0721 Å °0.0034 Å °0.0537 Å °-0.0112 Å °-0.0037 Å °-0.0342 Å °-0.0239 Å °0.0351 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA333 - 528
2X-RAY DIFFRACTION1allB333 - 527
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 218
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 215
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 218
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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