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- PDB-7xdv: Crystal structure of a receptor like kinase from Arabidopsis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xdv
タイトルCrystal structure of a receptor like kinase from Arabidopsis
要素Receptor-like protein kinase FERONIA
キーワードPLANT PROTEIN / receptor-like kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


pollen tube reception / filiform apparatus / negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / response to ethylene / brassinosteroid mediated signaling pathway / response to brassinosteroid / stomatal movement / ethylene-activated signaling pathway / root development / plasmodesma ...pollen tube reception / filiform apparatus / negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / response to ethylene / brassinosteroid mediated signaling pathway / response to brassinosteroid / stomatal movement / ethylene-activated signaling pathway / root development / plasmodesma / abscisic acid-activated signaling pathway / defense response to fungus / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / post-embryonic development / circadian regulation of gene expression / negative regulation of cell growth / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Malectin-like domain / Receptor-like protein kinase ANXUR1-like / Malectin-like domain / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Malectin-like domain / Receptor-like protein kinase ANXUR1-like / Malectin-like domain / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Receptor-like protein kinase FERONIA
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Kong, Y.Q. / Ming, Z.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31700052 中国
引用ジャーナル: Plant Commun. / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical basis of Arabidopsis FERONIA receptor kinase-mediated early signaling initiation.
著者: Kong, Y. / Chen, J. / Jiang, L. / Chen, H. / Shen, Y. / Wang, L. / Yan, Y. / Zhou, H. / Zheng, H. / Yu, F. / Ming, Z.
履歴
登録2022年3月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-like protein kinase FERONIA
B: Receptor-like protein kinase FERONIA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1426
ポリマ－71,0792
非ポリマー1,0634
水3,657203
1
A: Receptor-like protein kinase FERONIA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0713
ポリマ－35,5401
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13910 Å2
手法PISA
2
B: Receptor-like protein kinase FERONIA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0713
ポリマ－35,5401
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.950, 83.330, 62.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 28 through 401)
21(chain B and (resid 28 through 320 or resid 401))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISATPATP(chain A and resid 28 through 401)AA - C28 - 40120
21HISHISGLUGLU(chain B and (resid 28 through 320 or resid 401))BB28 - 32020 - 312
22ATPATPATPATP(chain B and (resid 28 through 320 or resid 401))BE401

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要素

#1: タンパク質 Receptor-like protein kinase FERONIA / Protein SIRENE


分子量: 35539.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: FER, AAK1, SIR, SRN, At3g51550, F26O13.190
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9SCZ4, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.05M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES 7.5, 30% v/vPolyethylene glycol monomethyl ether 550

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→29.76 Å / Num. obs: 44514 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.97→2.02 Å / Num. unique obs: 44474 / CC1/2: 0.998

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QKW

2qkw


解像度: 1.97→27.059 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 1997 4.49 %
Rwork0.1705 42477 -
obs0.1723 44474 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136 Å2 / Biso mean: 48.1509 Å2 / Biso min: 19.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→27.059 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4534 0 64 203 4801
Biso mean--78.84 51.18 -
残基数----566
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1728X-RAY DIFFRACTION6.74TORSIONAL
12B1728X-RAY DIFFRACTION6.74TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.97-2.01930.31181380.26263040100
2.0193-2.07380.25741600.23253000100
2.0738-2.13480.2551320.20423023100
2.1348-2.20370.2841390.19353028100
2.2037-2.28240.22581360.18033025100
2.2824-2.37380.21961590.1733041100
2.3738-2.48170.21281310.17023023100
2.4817-2.61250.22271440.17293020100
2.6125-2.7760.23161540.17933004100
2.776-2.99010.22941380.17443057100
2.9901-3.29050.2281390.17793038100
3.2905-3.76560.21351450.15773026100
3.7656-4.74010.19631400.14073082100
4.7401-27.0590.17531420.1753307099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.8273 Å / Origin y: 6.0604 Å / Origin z: 14.5856 Å
111213212223313233
T0.2095 Å20.008 Å20.002 Å2-0.2257 Å2-0.0322 Å2--0.2437 Å2
L0.3879 °20.0491 °2-0.0838 °2-1.0373 °2-0.529 °2--1.5652 °2
S0.0007 Å °0.0209 Å °0.0079 Å °0.0073 Å °0.0335 Å °0.1387 Å °0.0049 Å °-0.1706 Å °-0.0156 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA26 - 401
2X-RAY DIFFRACTION1allB27 - 401
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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