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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xdu | ||||||
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タイトル | TtherAmDH-NAD+ | ||||||
要素 | 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductaseジヒドロジピコリン酸レダクターゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Complex | ||||||
機能・相同性 | 2,4-diaminopentanoate dehydrogenase, C-terminal domain / 2,4-diaminopentanoate dehydrogenase C-terminal domain / ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminal / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD(P)-binding domain superfamily / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, C. / Qian, Y.Y. / Pan, J. / Bai, Y.P. / Xu, J.H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Stereoselective synthesis of chiral lactams via an engineered natural amine dehydrogenase. 著者: Chen, C. / Qian, Y.Y. / Pan, J. / Xu, J.H. / Bai, Y.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xdu.cif.gz | 149.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xdu.ent.gz | 115 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xdu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/7xdu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/7xdu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6g1mS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38417.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus (バクテリア) 遺伝子: SAMN04244560_00044, SAMN04324257_01069 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I1Z0X1 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.05 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: sodium malonate dibasic onohydrate, Bis-Tris propane, PEG 3350 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月4日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 35169 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.149 / Χ2: 0.996 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 241862 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6G1M 解像度: 2.6→45.8 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.77 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.05 Å2 / Biso mean: 42.8694 Å2 / Biso min: 15.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→45.8 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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