+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xdu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | TtherAmDH-NAD+ | ||||||
![]() | 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Complex | ||||||
Function / homology | 2,4-diaminopentanoate dehydrogenase, C-terminal domain / 2,4-diaminopentanoate dehydrogenase C-terminal domain / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminal / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD(P)-binding domain superfamily / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, C. / Qian, Y.Y. / Pan, J. / Bai, Y.P. / Xu, J.H. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Stereoselective synthesis of chiral lactams via an engineered natural amine dehydrogenase. Authors: Chen, C. / Qian, Y.Y. / Pan, J. / Xu, J.H. / Bai, Y.P. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 149.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 115 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 980.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 986.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 38.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6g1mS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 38417.344 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: SAMN04244560_00044, SAMN04324257_01069 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.73 Å3/Da / Density % sol: 67.05 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: sodium malonate dibasic onohydrate, Bis-Tris propane, PEG 3350 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 4, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 35169 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.149 / Χ2: 0.996 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 241862 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6G1M Resolution: 2.6→45.8 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.77 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 99.05 Å2 / Biso mean: 42.8694 Å2 / Biso min: 15.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→45.8 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
|