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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xdq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a glucosylglycerol phosphorylase mutant from Marinobacter adhaerens | ||||||
要素 | Glucosylglycerol phosphorylase | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / phosphorylase (ホスホリラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucosylglycerol phosphorylase (configuration-retaining) / glucosylglycerol metabolic process / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / glycosyltransferase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Marinobacter adhaerens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å | ||||||
データ登録者 | Wei, H.L. / Li, Q. / Yang, J.G. / Liu, W.D. / Sun, Y.X. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022 タイトル: Protein Engineering of Glucosylglycerol Phosphorylase Facilitating Efficient and Highly Regio- and Stereoselective Glycosylation of Polyols in a Synthetic System. 著者: Zhang, T. / Liu, P. / Wei, H. / Sun, X. / Zeng, Y. / Zhang, X. / Cai, Y. / Cui, M. / Ma, H. / Liu, W. / Sun, Y. / Yang, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xdq.cif.gz | 108.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xdq.ent.gz | 82 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xdq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/7xdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/7xdq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7xdrC 6s9vS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54930.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Marinobacter adhaerens (バクテリア) 株: DSM 23420 / HP15 / 遺伝子: gtfA, HP15_2853 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: E4PMA5, glucosylglycerol phosphorylase (configuration-retaining) |
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#2: 糖 | ChemComp-BGC / |
#3: 化合物 | ChemComp-LI / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.68 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG8000, MgAc |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.82→30 Å / Num. obs: 18371 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 32.03 |
反射 シェル | 解像度: 2.82→2.92 Å / Num. unique obs: 1800 / CC1/2: 0.746 / Rpim(I) all: 0.435 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6S9V 解像度: 2.83→21.52 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.11 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 161.65 Å2 / Biso mean: 92.3111 Å2 / Biso min: 31.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.83→21.52 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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