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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xcb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the mouse interleukin-9 | ||||||
要素 | Interleukin-9Interleukin 9 | ||||||
キーワード | CYTOKINE (サイトカイン) / interleukin (インターロイキン) / type I cytokine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 interleukin-9 receptor binding / Interleukin-9 signaling / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / B cell proliferation / immunoglobulin mediated immune response / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / B cell differentiation / cytokine activity ...interleukin-9 receptor binding / Interleukin-9 signaling / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / B cell proliferation / immunoglobulin mediated immune response / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / B cell differentiation / cytokine activity / growth factor activity / positive regulation of cell growth / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, J.W. / Lee, J.-O. / Park, S.M. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the mouse interleukin-9 著者: Kim, J.W. / Lee, J.-O. / Park, S.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xcb.cif.gz | 38.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xcb.ent.gz | 24.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xcb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/7xcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/7xcb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13428.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: High five insect cells / 遺伝子: Il9 / プラスミド: pFastBac1-HM / 細胞株 (発現宿主): High five insect cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P15247 | ||
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#2: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.26 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1M citric acid(pH 3.5), 2.0M Ammonium sulfate / PH範囲: 3.5-4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月27日 |
放射 | モノクロメーター: DCM Si (111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→30 Å / Num. obs: 4255 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.82 % / CC1/2: 0.85 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 41.13 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.49 Å / 冗長度: 18.55 % / Num. unique obs: 297 / CC1/2: 0.783 / Rrim(I) all: 0.228 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AF-P15247-F1 解像度: 3.4→27.57 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 123.74 Å2 / Biso min: 38.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.4→27.57 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.4→4.28 Å /
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