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万見
- PDB-7xcb: Crystal structure of the mouse interleukin-9 -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xcb
タイトルCrystal structure of the mouse interleukin-9
要素Interleukin-9
キーワードCYTOKINE / interleukin / type I cytokine
機能・相同性
機能・相同性情報


Interleukin-9 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / B cell proliferation / immunoglobulin mediated immune response / B cell differentiation / cytokine activity / growth factor activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Interleukin-9 / Interleukin-7/Interleukin-9, conserved site / Interleukin-7 and -9 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Kim, J.W. / Lee, J.-O. / Park, S.M.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019M3E5D6066058, 2017M3A9F6029753 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the mouse interleukin-9
著者: Kim, J.W. / Lee, J.-O. / Park, S.M.
履歴
登録2022年3月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8713
ポリマ－13,4281
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.500, 95.500, 105.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-9 / IL-9 / Cytokine P40 / T-cell growth factor P40


分子量: 13428.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: High five insect cells / 遺伝子: Il9 / プラスミド: pFastBac1-HM / 細胞株 (発現宿主): High five insect cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P15247
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.26 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1M citric acid(pH 3.5), 2.0M Ammonium sulfate / PH範囲: 3.5-4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月27日
放射モノクロメーター: DCM Si (111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→30 Å / Num. obs: 4255 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.82 % / CC1/2: 0.85 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 41.13
反射 シェル解像度: 3.4→3.49 Å / 冗長度: 18.55 % / Num. unique obs: 297 / CC1/2: 0.783 / Rrim(I) all: 0.228 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AF-P15247-F1

解像度: 3.4→27.57 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2903 213 5.01 %213
Rwork0.2409 4040 --
obs0.2436 4253 99.63 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.74 Å2 / Biso min: 38.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→27.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数930 0 28 0 958
Biso mean--79.91 --
残基数----120
LS精密化 シェル解像度: 3.4→4.28 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.2554 -
Rwork0.2213 -
obs-100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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