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- PDB-7xca: Crystal structure of the porcine astrovirus capsid spike domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xca
タイトルCrystal structure of the porcine astrovirus capsid spike domain
要素Capsid protein spike domain
キーワードVIRAL PROTEIN / porcine astrovirus / capsid / spike domain / VIRUS
機能・相同性Turkey astrovirus capsid protein / Turkey astrovirus capsid protein / Capsid, astroviral / Astrovirus capsid protein nucleoplasmin-like domain / T=3 icosahedral viral capsid / Viral coat protein subunit / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / Capsid polyprotein VP90
機能・相同性情報
生物種Porcine astrovirus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Pan, L.X. / Zhang, W.C. / Yang, D.F. / Yang, L.Y. / Liu, H.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31860245 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31960203 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31760735 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure analysis of porcine astrovirus capsid spike and spike/neutralizing antibody complexes.
著者: Pan, L.X. / Zhang, W.C. / Yang, D.F. / Yang, L.Y. / Liu, H.
履歴
登録2022年3月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein spike domain
B: Capsid protein spike domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5694
ポリマ－59,5092
非ポリマー602
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area15610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.480, 105.170, 47.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 24 - 232 / Label seq-ID: 24 - 232

Dom-IDComponent-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain 'A' and resid 24 through 232)AA
22chain 'B'BB

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein spike domain


分子量: 29754.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Porcine astrovirus 1 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W5X1V8
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M magnesium chloride, 25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→44.04 Å / Num. obs: 14608 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 37.89 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.81
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / Num. unique obs: 2840 / CC1/2: 0.958

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
REFMAC5.8.0267精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→44.04 Å / SU ML: 0.3142 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.8466
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2341 1467 10.04 %
Rwork0.1781 13138 -
obs0.1836 14605 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3220 0 2 92 3314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00413304
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78224530
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0497524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058576
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.34581922
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.590.28081410.23691290X-RAY DIFFRACTION99.86
2.59-2.690.32341490.23861301X-RAY DIFFRACTION99.38
2.69-2.820.3171460.2341330X-RAY DIFFRACTION99.8
2.82-2.960.29941470.22741310X-RAY DIFFRACTION99.39
2.96-3.150.26881460.21231290X-RAY DIFFRACTION99.31
3.15-3.390.23581500.20561331X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.730.20931410.16811305X-RAY DIFFRACTION99.52
3.73-4.270.22351470.15821329X-RAY DIFFRACTION100
4.27-5.380.19431490.13031310X-RAY DIFFRACTION99.39
5.38-44.040.1941510.15471342X-RAY DIFFRACTION99.27
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.57711936111 Å / Origin y: 12.1779677173 Å / Origin z: 21.774985856 Å
111213212223313233
T0.227949280612 Å20.00249168382033 Å2-0.0180181744816 Å2-0.273896682518 Å20.0771477353481 Å2--0.20310667706 Å2
L1.28439156719 °2-0.394308073512 °2-0.463675030287 °2-3.65006845919 °20.983384923309 °2--0.960507038642 °2
S-0.11480959608 Å °-0.0901044916722 Å °0.0462233251295 Å °0.0732905261234 Å °0.237528121625 Å °-0.0792810181423 Å °0.0192486899177 Å °0.0630093047008 Å °-0.101710920738 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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