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- PDB-7xby: The crystal structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 variant RBD in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xby
タイトルThe crystal structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 variant RBD in complex with equine ACE2
要素
  • Angiotensin-converting enzyme
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / cilium / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / apical plasma membrane / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal ...Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Angiotensin-converting enzyme / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Xu, Z.P. / Liu, K.F. / Han, P. / Qi, J.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100752 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Binding and structural basis of equine ACE2 to RBDs from SARS-CoV, SARS-CoV-2 and related coronaviruses.
著者: Xu, Z. / Kang, X. / Han, P. / Du, P. / Li, L. / Zheng, A. / Deng, C. / Qi, J. / Zhao, X. / Wang, Q. / Liu, K. / Gao, G.F.
履歴
登録2022年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme
B: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,48110
ポリマ－117,7152
非ポリマー7668
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area33780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.975, 113.975, 152.738
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme


分子量: 92299.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: ACE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F6V9L3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 25415.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / Variant: Omicron BA.1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Sodium bromide, 0.1M Bis-Tris propane 8.5, 20 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 27326 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 51.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.85→2.96 Å / Rmerge(I) obs: 1.252 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2682

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc3_4028精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LZG

6lzg


解像度: 2.85→32.9 Å / SU ML: 0.3713 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.9189
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2626 1252 4.89 %
Rwork0.2282 24364 -
obs0.2298 25616 93.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→32.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6416 0 21 0 6437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00256613
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58078985
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041940
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00391162
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.33622407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.960.3592940.33971410X-RAY DIFFRACTION50.49
2.96-3.10.3171440.29952636X-RAY DIFFRACTION92.79
3.1-3.260.31371460.28012867X-RAY DIFFRACTION99.47
3.26-3.460.3021460.28212869X-RAY DIFFRACTION99.93
3.46-3.730.26681360.24312868X-RAY DIFFRACTION99.87
3.73-4.10.25311540.21582858X-RAY DIFFRACTION99.7
4.1-4.70.26051340.19092909X-RAY DIFFRACTION99.35
4.7-5.910.22031600.19982901X-RAY DIFFRACTION99.48
5.91-32.90.22691380.20273046X-RAY DIFFRACTION99.07
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.279093373193-0.3178529820570.7727997758471.31101755262-0.1481559442443.09304747128-0.04065215514050.0946062071549-0.03736060213930.00574330124109-0.0588640600365-0.395123822946-0.3825652606530.676151048747-0.05762040477230.431520439571-0.1628707838580.1134204078020.633446327634-0.01399083896170.3957802248940.6170681856-25.940554870710.3811345419
20.190502182953-0.370594141855-0.3957256289530.6484463847661.00429946841.13802852285-0.323593529672-0.00354011373013-0.4010096269320.1609606286010.3805668934-0.9543118620780.1168967410680.228782930727-0.1163669912390.43925598639-0.1578280382850.0235700820230.710339386823-0.1166770505721.0127589940946.5441227219-40.63382754197.12995341789
31.53546955628-0.05940699849670.1654419888481.622542219180.814127390791.337176467240.03628022802840.04477757450310.0575831205515-0.2329730557590.177807821995-0.472760230882-0.2628698353020.350361119943-0.08968223342440.341456196153-0.08091657305650.1330428017440.339851140873-0.1111123116310.50919580592538.5049065825-50.5264562848-12.7622471379
40.414905853958-0.127467240049-0.2663436558092.45361666561.437994752351.683836968080.007241228396390.051591467349-0.00699076838826-0.341594958361-0.0881689116471-0.00209133496306-0.272972356077-0.074970627640.06510566257020.2745684754-0.02040811751490.02245208190090.241762910063-0.01303574469980.25602291117923.4426110346-43.9739537282-9.4087340697
52.38603626198-1.66195551830.7048003982172.53148479064-0.6337753943671.4745287008-0.177454602733-0.2410347258111.4337136610.0578801014433-0.05838717174210.505774719066-0.361171392219-0.1774925400860.06808130257260.524041320893-0.102207383038-0.004802071476770.361917474474-0.1225966732780.76085620176821.66150415320.045717768055328.1190468702
62.61316516278-0.726454482888-0.4337100695072.172759932640.5537401629351.11859735302-0.0975849518862-0.322961453520.567900913541-0.446235509969-0.03214673409080.382779119351-0.443206970577-0.4334147210620.1238103195530.540749984190.0398628676414-0.01744222574270.387218346303-0.113445971270.52722383813412.2340664378-6.0147538172527.0896923847
71.688266797530.0140073135062-0.01111032965631.361031747830.2131638873561.31673862-0.0410277273336-0.2761299045650.009816662994270.191624510183-0.01860706254650.044316891440.05394840052940.1618518591340.0853158285790.396117167818-0.111166535393-0.003992239206950.3726445718610.02934762823780.24393984169427.8672804758-15.96836380629.0601843079
80.3257481161130.473206868254-0.7881251284653.28202346095-0.2161371999162.520619988260.1176479456490.319027817743-0.112021100937-0.0017232795614-0.110555702264-0.4473507904890.01196784657960.889998903250.1576233343640.386735317525-0.02751904321520.09781124523270.353657740824-0.01985633361420.22593801345536.63303877-19.293619136321.6053023649
92.30984139324-1.408662830260.5120168822493.553904926910.7507551116280.944697781543-0.0741304710434-0.7107838357270.5081272692360.686399846041-0.2670974375320.691825954485-0.348359066555-0.1830175953620.1567032878740.509849357307-0.05604658428480.07835885686440.395159664227-0.1516774540310.60669594088112.4934754406-2.7910783777834.14832007
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 19 through 82 )AA19 - 821 - 64
22chain 'A' and (resid 83 through 129 )AA83 - 12965 - 111
33chain 'A' and (resid 130 through 250 )AA130 - 250112 - 232
44chain 'A' and (resid 251 through 614 )AA251 - 614233 - 596
55chain 'B' and (resid 333 through 358 )BC333 - 3581 - 26
66chain 'B' and (resid 359 through 409 )BC359 - 40927 - 77
77chain 'B' and (resid 410 through 479 )BC410 - 47978 - 147
88chain 'B' and (resid 480 through 506 )BC480 - 506148 - 174
99chain 'B' and (resid 507 through 527 )BC507 - 527175 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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