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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xbn | ||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of YC-17-bound cytochrome P450 PikC with the unnatural amino acid p-Acetyl-L-Phenylalanine incorporated at position 238 | ||||||||||||
![]() | Cytochrome P450 monooxygenase PikC | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() pikromycin synthase / macrolide biosynthetic process / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Li, G.B. / Pan, Y.J. / Li, S.Y. / Gao, X. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: New mechanistic insight of cytochrome P450 PikC gained from site-specific mutagenesis by non-coding amino acids 著者: Pan, Y.J. / Li, G.B. / Gao, X. / Li, S.Y. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 198.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xboC ![]() 2bvjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49390.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: pikC, picK / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 888分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/PXI.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PXI.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() #5: 化合物 | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.12 % |
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結晶化![]() | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1M Bis-TRIS, pH 6.0, 18% PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 67865 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 26.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 6600 / CC1/2: 0.877 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 2BVJ 解像度: 2→27.23 Å / SU ML: 0.1958 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.6048 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→27.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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