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- PDB-7xbm: Crystal Structure of cytochrome P450 PikC with the unnatural amin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xbm
タイトルCrystal Structure of cytochrome P450 PikC with the unnatural amino acid p-Acetyl-L-Phenylalanine incorporated at position 238
要素Cytochrome P450 monooxygenase PikC
キーワードOXIDOREDUCTASE / unnatural amino acid
機能・相同性
機能・相同性情報


pikromycin synthase / macrolide biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cytochrome P450 monooxygenase PikC
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Li, G.B. / Pan, Y.J. / Li, S.Y. / Gao, X.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000039 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32025001 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31872729 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Crystal Structure of cytochrome P450 PikC with the unnatural amino acid p-Acetyl-L-Phenylalanine incorporated at position 238
著者: Pan, Y.J. / Li, G.B. / Gao, X. / Li, S.Y.
履歴
登録2022年3月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 monooxygenase PikC
B: Cytochrome P450 monooxygenase PikC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,32017
ポリマ－98,7822
非ポリマー2,53815
水6,936385
1
A: Cytochrome P450 monooxygenase PikC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5177
ポリマ－49,3911
非ポリマー1,1266
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 monooxygenase PikC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,80310
ポリマ－49,3911
非ポリマー1,4129
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.040, 108.331, 153.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome P450 monooxygenase PikC / Cytochrome P450 monooxygenase PicK / Narbomycin C-12 hydroxylase / Pikromycin synthase CYP107L1


分子量: 49390.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
遺伝子: pikC, picK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O87605, pikromycin synthase

-
非ポリマー , 6種, 400分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.26 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1M sodium cacodylate, pH6.1, 16% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 39557 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 34.67 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Num. unique obs: 3737 / CC1/2: 0.882

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BVJ

2bvj


解像度: 2.4→23.51 Å / SU ML: 0.2861 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.861
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2299 2000 5.44 %
Rwork0.1838 34758 -
obs0.1863 36758 92.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→23.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6150 0 162 385 6697
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00236457
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5338816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0396964
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00451148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.13912409
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.2995930.22581629X-RAY DIFFRACTION62.44
2.46-2.530.31611100.22851897X-RAY DIFFRACTION71.4
2.53-2.610.26141210.2222114X-RAY DIFFRACTION80.11
2.61-2.690.30941340.22992331X-RAY DIFFRACTION88.64
2.69-2.790.27081460.23322537X-RAY DIFFRACTION96.23
2.79-2.90.28091520.22592634X-RAY DIFFRACTION99.39
2.9-3.030.26981530.21942662X-RAY DIFFRACTION99.96
3.03-3.190.2731520.20362652X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.390.20481530.19192663X-RAY DIFFRACTION99.96
3.39-3.650.27521540.18082673X-RAY DIFFRACTION100
3.65-4.010.20791560.15652703X-RAY DIFFRACTION99.97
4.01-4.590.17071550.14512698X-RAY DIFFRACTION99.96
4.59-5.770.20491560.16382732X-RAY DIFFRACTION100
5.77-23.510.19371650.17132833X-RAY DIFFRACTION98.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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