ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0158精密化 HKL-2000データスケーリング PDB_EXTRACT3.27 データ抽出 HKL-2000データ削減 HKL-3000位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 5ZZO解像度 : 1.65→30 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.967 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.956 / SU B : 5.829 / SU ML : 0.086 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.167 / ESU R Free : 0.105 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2234 1119 5 % RANDOM Rwork 0.1886 - - - obs 0.1904 21396 98.37 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 78.4 Å2 / Biso mean : 33.795 Å2 / Biso min : 18.51 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -3.1 Å2 -0 Å2 -0.65 Å2 2- - 1.39 Å2 -0 Å2 3- - - 1.53 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.65→30 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1591 0 15 81 1687 Biso mean - - 31.34 38.13 - 残基数 - - - - 197
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.006 0.019 1662 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.002 0.02 1501 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.343 1.957 2264 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.866 3 3510 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.61 5 204 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg40.415 25.904 83 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg10.765 15 292 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg12.038 15 5 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.193 0.2 258 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.004 0.021 1849 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 312 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restr0.773 3 3163 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_free24.364 5 53 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded4.002 5 3157
LS精密化 シェル 解像度 : 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.289 89 - Rwork 0.253 1534 - all - 1623 - obs - - 97.65 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 3) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 4.0477 0.0757 0.1333 0.4324 0.0676 0.0674 -0.0194 -0.4676 -0.2882 -0.0767 -0.0075 0.0083 -0.0301 -0.0436 0.0269 0.0826 0.0079 0.0145 0.0919 0.0186 0.0537 51.302 16.201 14.935 2 2.0607 -0.4583 0.2954 0.4224 -0.2359 0.6983 -0.0073 -0.0092 0.1592 -0.0383 -0.0134 -0.0196 0.0035 0.0183 0.0207 0.1146 -0.0018 0.0377 0.0175 -0.0163 0.0396 34.366 26.341 -2.118 3 4.7597 -0.3114 -2.6512 0.437 -0.4069 2.2915 -0.2797 -1.3404 -0.1867 0.0525 0.2923 0.0875 0.0906 0.4198 -0.0126 0.0616 0.0884 0.0221 0.5485 0.0706 0.0308 50.662 16.6 22.987
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A88 - 159 2 X-RAY DIFFRACTION 2 A160 - 256 3 X-RAY DIFFRACTION 3 A257 - 284