PDB-7xbe: co-crystal structure of CcpE-RD with citrate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xbe

タイトル

co-crystal structure of CcpE-RD with citrate

要素

LysR family transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / LysR family transcriptional regulator

機能・相同性

CITRATE ANION / :

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Lan, L.F. / Chen, F.F. / Gan, J.H.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31670136	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31700124	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81861138047	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: co-crystal structure of CcpE-RD with citrate
著者: Lan, L.F. / Chen, F.F. / Gan, J.H.

履歴

登録	2022年3月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xbe.cif.gz	102.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xbe.ent.gz	75.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xbe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/7xbe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/7xbe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zzoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

A: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
67 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.935, 38.799, 54.504
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.010, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	LysR family transcriptional regulator 分子量: 33280.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: M013TW_0659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U4ASJ0
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 13.96 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium acetate, pH 4.6, 25 % (w/v) PEG 3000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9735 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9735 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 22631 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.064 / R_rim(I) all: 0.115 / Χ²: 1.073 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 73578

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.65-1.68	3.1	0.498	1077	0.812	0.331	0.6	1.038	97.1
1.68-1.71	3.2	0.444	1147	0.838	0.288	0.531	1.071	98.3
1.71-1.74	3.3	0.421	1092	0.858	0.268	0.501	1.105	98.1
1.74-1.78	3.3	0.356	1130	0.877	0.231	0.426	1.076	98.3
1.78-1.82	3.3	0.307	1150	0.911	0.2	0.368	1.083	98.3
1.82-1.86	3.1	0.255	1112	0.921	0.173	0.309	1.096	98.5
1.86-1.9	3.2	0.239	1107	0.961	0.158	0.287	1.053	98.6
1.9-1.96	3.4	0.204	1134	0.956	0.134	0.245	1.223	98.4
1.96-2.01	3.4	0.179	1117	0.959	0.116	0.214	1.123	98.4
2.01-2.08	3.4	0.167	1131	0.957	0.108	0.199	1.064	98.7
2.08-2.15	3.3	0.15	1145	0.96	0.1	0.181	1.111	98.5
2.15-2.24	3.1	0.137	1116	0.964	0.092	0.165	1.106	98.7
2.24-2.34	3.2	0.125	1132	0.969	0.084	0.151	1.022	98.7
2.34-2.46	3.4	0.12	1132	0.977	0.079	0.144	1.024	98.2
2.46-2.62	3.4	0.112	1144	0.973	0.073	0.135	1.052	98.8
2.62-2.82	3.2	0.101	1130	0.972	0.068	0.122	0.962	98.9
2.82-3.11	3.2	0.098	1137	0.981	0.065	0.118	1.062	98.3
3.11-3.55	3.3	0.089	1154	0.98	0.059	0.107	1.092	99.1
3.55-4.48	3	0.083	1160	0.983	0.057	0.101	1.003	98.1
4.48-50	3.1	0.08	1184	0.986	0.053	0.096	1.068	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ZZO

5zzo

解像度: 1.65→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 5.829 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2234	1119	5 %	RANDOM
R_work	0.1886	-	-	-
obs	0.1904	21396	98.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.4 Å² / B_iso mean: 33.795 Å² / B_iso min: 18.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.1 Å²	-0 Å²	-0.65 Å²
2-	-	1.39 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1591	0	15	81	1687
B_iso mean	-	-	31.34	38.13	-
残基数	-	-	-	-	197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1501
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.343	1.957	2264
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.866	3	3510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.61	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.415	25.904	83
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.765	15	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.038	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.193	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	312
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.773	3	3163
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	24.364	5	53
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.002	5	3157

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	89	-
R_work	0.253	1534	-
all	-	1623	-
obs	-	-	97.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0477	0.0757	0.1333	0.4324	0.0676	0.0674	-0.0194	-0.4676	-0.2882	-0.0767	-0.0075	0.0083	-0.0301	-0.0436	0.0269	0.0826	0.0079	0.0145	0.0919	0.0186	0.0537	51.302	16.201	14.935
2	2.0607	-0.4583	0.2954	0.4224	-0.2359	0.6983	-0.0073	-0.0092	0.1592	-0.0383	-0.0134	-0.0196	0.0035	0.0183	0.0207	0.1146	-0.0018	0.0377	0.0175	-0.0163	0.0396	34.366	26.341	-2.118
3	4.7597	-0.3114	-2.6512	0.437	-0.4069	2.2915	-0.2797	-1.3404	-0.1867	0.0525	0.2923	0.0875	0.0906	0.4198	-0.0126	0.0616	0.0884	0.0221	0.5485	0.0706	0.0308	50.662	16.6	22.987

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	88 - 159
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	160 - 256
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	257 - 284

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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