+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xbe | ||||||||||||
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Title | co-crystal structure of CcpE-RD with citrate | ||||||||||||
Components | LysR family transcriptional regulator | ||||||||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / LysR family transcriptional regulator | ||||||||||||
Function / homology | CITRATE ANION / : Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | ||||||||||||
Authors | Lan, L.F. / Chen, F.F. / Gan, J.H. | ||||||||||||
Funding support | China, 3items
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Citation | Journal: To Be Published Title: co-crystal structure of CcpE-RD with citrate Authors: Lan, L.F. / Chen, F.F. / Gan, J.H. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7xbe.cif.gz | 102.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7xbe.ent.gz | 75.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7xbe.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7xbe_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7xbe_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 7xbe_validation.xml.gz | 10.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7xbe_validation.cif.gz | 13.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/7xbe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/7xbe | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5zzoS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33280.230 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Gene: M013TW_0659 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A7U4ASJ0 | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-FLC / | ||||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.43 Å3/Da / Density % sol: 13.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M Sodium acetate, pH 4.6, 25 % (w/v) PEG 3000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9735 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 17, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9735 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. obs: 22631 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 1.073 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 73578 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5ZZO Resolution: 1.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 5.829 / SU ML: 0.086 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.105 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 78.4 Å2 / Biso mean: 33.795 Å2 / Biso min: 18.51 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.65→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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