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- PDB-7xb9: Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a covalent inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xb9
タイトルPhosphoglycerate mutase 1 complexed with a covalent inhibitor
要素Phosphoglycerate mutase 1
キーワードISOMERASE / Phosphoglycerate mutase 1
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycerate mutase activity / bisphosphoglycerate mutase / bisphosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / gluconeogenesis / secretory granule lumen ...phosphoglycerate mutase activity / bisphosphoglycerate mutase / bisphosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / gluconeogenesis / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / hydrolase activity / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / extracellular exosome / extracellular region / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate mutase 1 / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H5X / Phosphoglycerate mutase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Jiang, L.L. / Zhou, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22077019 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a covalent inhibitor
著者: Jiang, L.L. / Zhou, L.
履歴
登録2022年3月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Phosphoglycerate mutase 1
C: Phosphoglycerate mutase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7455
ポリマ－59,8342
非ポリマー9103
水8,449469
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area20120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.757, 69.949, 170.237
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphoglycerate mutase 1 / BPG-dependent PGAM 1 / Phosphoglycerate mutase isozyme B / PGAM-B


分子量: 29917.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGAM1, PGAMA, / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P18669, phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent), bisphosphoglycerate mutase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-H5X / 3-[[5-(cyclopenten-1-yl)-2-methoxycarbonyl-phenyl]sulfamoyl]benzenesulfonic acid


分子量: 437.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19NO7S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, 100mM MES 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 73968 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 19.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 936687
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.58-1.6412.30.7572950.8790.2180.7810.57899.6
1.64-1.7130.59572920.9310.1690.6190.62599.6
1.7-1.7812.60.44373390.9530.1270.4610.74799.7
1.78-1.8712.30.33173270.9720.0960.3450.86899.4
1.87-1.9913.10.25173400.9830.0710.2611.05399.6
1.99-2.1412.70.18773580.9890.0540.1951.25899.5
2.14-2.3612.70.14173840.9920.0410.1471.34799.5
2.36-2.712.90.10974470.9950.0310.1141.30599.6
2.7-3.412.80.07374090.9980.0210.0761.18498.7
3.4-5012.20.04477770.9990.0130.0460.89598.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GPI

4gpi


解像度: 1.58→27.02 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1963 3584 4.91 %
Rwork0.1744 69365 -
obs0.1755 72949 98.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 58.13 Å2 / Biso mean: 23.6837 Å2 / Biso min: 11.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→27.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3784 0 1 469 4254
Biso mean--15.12 31.98 -
残基数----462
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.58-1.60.2868840.22931971205572
1.6-1.620.22331300.20732530266096
1.62-1.650.21711330.206326752808100
1.65-1.670.24081290.204526932822100
1.67-1.70.21931290.200826662795100
1.7-1.720.2541390.212626992838100
1.72-1.750.27591330.210526452778100
1.75-1.790.23131380.205426812819100
1.79-1.820.21341230.20962657278099
1.82-1.860.22671570.19426912848100
1.86-1.90.20381470.181726612808100
1.9-1.940.24031330.186927032836100
1.94-1.990.24341280.181726612789100
1.99-2.040.19841600.182126912851100
2.04-2.10.17921390.1752676281599
2.1-2.170.18591380.17352667280599
2.17-2.250.18671550.17212710286599
2.25-2.340.19481590.170526692828100
2.34-2.450.20961300.164827272857100
2.45-2.580.19031230.183727262849100
2.58-2.740.2021280.16942703283199
2.74-2.950.19711370.17632686282398
2.95-3.240.19511430.17362752289599
3.24-3.710.18151400.171427692909100
3.71-4.670.17881610.14222738289998
4.67-27.020.17631680.17282918308699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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