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- PDB-7xb6: Crystal structure of the O-carbamoyltransferase VtdB in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xb6
タイトルCrystal structure of the O-carbamoyltransferase VtdB in complex with carbamoyl adenylate intermediate
要素Carbamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / catalytic activity / transferase activity / ligase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process / transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbamoyltransferase, C-terminal domain / Carbamoyltransferase / Carbamoyltransferase, C-terminal / Carbamoyltransferase, C-terminal domain superfamily / : / Carbamoyltransferase N-terminus / Carbamoyltransferase C-terminus / DHBP synthase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain ...Carbamoyltransferase, C-terminal domain / Carbamoyltransferase / Carbamoyltransferase, C-terminal / Carbamoyltransferase, C-terminal domain superfamily / : / Carbamoyltransferase N-terminus / Carbamoyltransferase C-terminus / DHBP synthase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CA0 / Carbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.901 Å
データ登録者Zhang, H. / Teng, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31700650 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of O-carbamoyltransferase VtdB from Streptomyces sp. NO1W98 in complex with carbamoyladenylate
著者: Zhang, H. / Teng, Y.
履歴
登録2022年3月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbamoyltransferase
B: Carbamoyltransferase
C: Carbamoyltransferase
D: Carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,10512
ポリマ－263,4474
非ポリマー1,6588
水2,918162
1
A: Carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2763
ポリマ－65,8621
非ポリマー4152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2763
ポリマ－65,8621
非ポリマー4152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2763
ポリマ－65,8621
非ポリマー4152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2763
ポリマ－65,8621
非ポリマー4152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.391, 245.567, 96.946
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.042, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Carbamoyltransferase


分子量: 65861.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U3NFH8
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CA0 / 5'-O-[(S)-(carbamoyloxy)(hydroxy)phosphoryl]adenosine


分子量: 390.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N6O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 27% w/v PEG 4000, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.2 M sodium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48.19 Å / Num. obs: 372765 / % possible obs: 98.24 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 7.77
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.533 / Num. unique obs: 3578 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold 2

解像度: 2.901→48.189 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 0.005 / SU ML: 0 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.333 / ESU R Free: 0.479 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 2743 4.983 %
Rwork0.1868 52306 -
all0.191 --
obs-55049 98.242 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 62.607 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.122 Å2-0 Å20.081 Å2
2---4.035 Å20 Å2
3---3.898 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.901→48.189 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18568 0 108 162 18838
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.901-2.9760.362040.3063578X-RAY DIFFRACTION91.0886
2.976-3.0580.372040.2663793X-RAY DIFFRACTION99.3044
3.058-3.1460.3441980.2553701X-RAY DIFFRACTION99.4897
3.146-3.2430.3431870.2493592X-RAY DIFFRACTION99.1863
3.243-3.3490.3111750.2293396X-RAY DIFFRACTION97.329
3.349-3.4670.321740.2243403X-RAY DIFFRACTION99.7212
3.467-3.5970.31770.2063268X-RAY DIFFRACTION99.6529
3.597-3.7440.2791960.1953081X-RAY DIFFRACTION99.8172
3.744-3.910.2851590.1813054X-RAY DIFFRACTION99.3814
3.91-4.1010.2561390.1532776X-RAY DIFFRACTION97.0696
4.101-4.3230.2621230.1472740X-RAY DIFFRACTION99.1344
4.323-4.5850.2291500.1422603X-RAY DIFFRACTION99.53
4.585-4.9010.2051040.1422458X-RAY DIFFRACTION99.5725
4.901-5.2930.223910.1652250X-RAY DIFFRACTION98.5684
5.293-5.7970.2771170.1862029X-RAY DIFFRACTION97.7231
5.797-6.4790.293890.1891920X-RAY DIFFRACTION99.7022
6.479-7.4780.222900.1631667X-RAY DIFFRACTION99.1535
7.478-9.150.191690.1431389X-RAY DIFFRACTION97.3298
9.15-12.9040.17630.1551083X-RAY DIFFRACTION99.4792
12.904-48.1890.29340.253525X-RAY DIFFRACTION84.5688

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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