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- PDB-7xb5: Structure of the ligand-binding domain of S. cerevisiae Upc2 in f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xb5
タイトルStructure of the ligand-binding domain of S. cerevisiae Upc2 in fusion with T4 lysozyme
要素fusion protein of Sterol uptake control protein 2 and Endolysin
キーワードTRANSCRIPTION / ergosterol / transcription factor / ligand-binding / zinc finger
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of sterol import / positive regulation of ergosterol biosynthetic process / positive regulation of filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific ...positive regulation of sterol import / positive regulation of ergosterol biosynthetic process / positive regulation of filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fungal transcription factor / : / Fungal specific transcription factor domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Endolysin T4 type ...Fungal transcription factor / : / Fungal specific transcription factor domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolysin / Sterol uptake control protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
Escherichia virus T4 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.44 Å
データ登録者Tan, L. / Im, Y.J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1A2C1085530 韓国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural basis for activation of fungal sterol receptor Upc2 and azole resistance.
著者: Tan, L. / Chen, L. / Yang, H. / Jin, B. / Kim, G. / Im, Y.J.
履歴
登録2022年3月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fusion protein of Sterol uptake control protein 2 and Endolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2541
ポリマ－52,2541
非ポリマー00
水00
1
A: fusion protein of Sterol uptake control protein 2 and Endolysin

A: fusion protein of Sterol uptake control protein 2 and Endolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,5082
ポリマ－104,5082
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area2200 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area36240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.744, 125.085, 155.272
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 fusion protein of Sterol uptake control protein 2 and Endolysin / Mannoprotein regulation by oxygen protein 4 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 52253.812 Da / 分子数: 1 / 変異: R727G,C769T,C812A,I852R,I925G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The loop residues 715-725 of Upc2 were replaced by bacteriophage T4 Lysozyme (residues 2 - 161) using Val-Asp dipeptide as linkers.
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母), (組換発現) Escherichia virus T4 (ウイルス)
株: S288c / 遺伝子: UPC2, MOX4, YDR213W, YD8142.14, YD8142B.05, UPC2 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12151, UniProt: P00720, lysozyme

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.22 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 12.5% PEG 8000, 0.2 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.44→50 Å / Num. obs: 8514 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 105.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 32.8
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 418 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N9N

4n9n


解像度: 3.44→32.98 Å / SU ML: 0.5063 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.0065
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3008 398 4.69 %
Rwork0.258 8095 -
obs0.2601 8493 96.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 120.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.44→32.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2859 0 0 0 2859
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01192921
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.72353965
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1338456
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.82331056
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.44-3.930.35711380.26832483X-RAY DIFFRACTION90.82
3.93-4.950.29091120.26512750X-RAY DIFFRACTION98.22
4.95-32.980.28671480.25062862X-RAY DIFFRACTION98.92
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.47222941247 Å / Origin y: -20.5726666228 Å / Origin z: 20.2193100025 Å
111213212223313233
T0.762236375491 Å20.0396939967372 Å20.0224941415443 Å2-0.830268101998 Å2-0.0982651128303 Å2--0.560399916866 Å2
L1.76886306476 °22.60534387813 °20.407733967081 °2-6.10636810026 °2-1.15573388805 °2--2.79190122718 °2
S-0.260902217537 Å °0.203373288764 Å °-0.301400618528 Å °-1.13613922857 Å °0.0771192110371 Å °-0.25487972147 Å °0.216416645816 Å °-0.366102757701 Å °0.199005938237 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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