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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xae | ||||||
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タイトル | Crystal strucutre of PD-L1 and 3ONJA protein | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / PD-L1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of tolerance induction to tumor cell / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production ...positive regulation of tolerance induction to tumor cell / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / early endosome membrane / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of cell migration / immune response / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() chemical production metagenome (メタゲノム) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, K.F. / Xu, Z.P. / Han, P. / Gao, G.F. / Chai, Y. / Tan, S.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal strucutre of PD-L1 and 2IC6 protein 著者: Liu, K.F. / Xu, Z.P. / Han, P. / Gao, G.F. / Chai, Y. / Tan, S.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 265.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 188 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3rrqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27482.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 9509.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) chemical production metagenome (メタゲノム) 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 16% w/v Polyethylene glycol 8,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97852 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.43→50 Å / Num. obs: 12131 / % possible obs: 82.5 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 23.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Net I/σ(I): 18.797 |
反射 シェル | 解像度: 3.43→3.55 Å / Rmerge(I) obs: 2.045 / Num. unique obs: 12131 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3RRQ 解像度: 3.44→44.56 Å / SU ML: 0.4187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.2662 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.47 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.44→44.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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