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Yorodumi- PDB-7xa7: Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor-binding domain in comple... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xa7 | ||||||
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Title | Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor-binding domain in complex with intermediate horseshoe bat ACE2 | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases) / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / cilium / metallopeptidase activity / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface ...Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases) / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / cilium / metallopeptidase activity / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rhinolophus affinis (intermediate horseshoe bat) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.31 Å | ||||||
Authors | Tang, L.F. / Zhang, D. / Han, P. / Qi, J.X. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Int J Biol Sci / Year: 2022 Title: Structural basis of SARS-CoV-2 and its variants binding to intermediate horseshoe bat ACE2. Authors: Tang, L. / Zhang, D. / Han, P. / Kang, X. / Zheng, A. / Xu, Z. / Zhao, X. / Wang, V.Y. / Qi, J. / Wang, Q. / Liu, K. / Gao, G.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7xa7.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7xa7.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7xa7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7xa7_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7xa7_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | 7xa7_validation.xml.gz | 103.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7xa7_validation.cif.gz | 139 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/7xa7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/7xa7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6lzgS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 69714.430 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhinolophus affinis (intermediate horseshoe bat) Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: A0A7D7FA76, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases) #2: Protein | Mass: 25122.336 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Receptor binding domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: S, 2 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P0DTC2 #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Sugar | ChemComp-NAG / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.23 Å3/Da / Density % sol: 61.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 5 % (w/v) PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NFPSS / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 23, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.3→50 Å / Num. obs: 69914 / % possible obs: 96.5 % / Redundancy: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 86.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.218 / Net I/σ(I): 8.8 |
Reflection shell | Resolution: 3.3→3.42 Å / Redundancy: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 1.345 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 7015 / % possible all: 99.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6LZG Resolution: 3.31→40.28 Å / SU ML: 0.4338 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.1561 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 90.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.31→40.28 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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