PDB-7x9r: Crystal structure of the antirepressor GmaR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x9r

タイトル

Crystal structure of the antirepressor GmaR

要素

Glycosyl transferase family 2

キーワード

PROTEIN BINDING / Antirepressor

機能・相同性

Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Tetratricopeptide repeat / transferase activity / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Glycosyl transferase family 2

機能・相同性情報

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Cho, S.Y. / Na, H.W. / Oh, H.B. / Kwak, Y.M. / Song, W.S. / Park, S.C. / Yoon, S.I.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural basis of flagellar motility regulation by the MogR repressor and the GmaR antirepressor in Listeria monocytogenes.
著者: Cho, S.Y. / Na, H.W. / Oh, H.B. / Kwak, Y.M. / Song, W.S. / Park, S.C. / Jeon, W.J. / Cho, H. / Oh, B.C. / Park, J. / Kang, S.G. / Lee, G.S. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2022年3月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x9r.cif.gz	231.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x9r.ent.gz	155.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x9r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7x9r_validation.pdf.gz	428.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7x9r_full_validation.pdf.gz	431 KB	表示
XML形式データ	7x9r_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	7x9r_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/7x9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/7x9r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x9sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (3)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (3)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (3)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Glycosyl transferase family 2

58.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.736, 85.779, 104.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Glycosyl transferase family 2 / Glycosyltransferase 分子量: 58300.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: AF006_02785, B1O25_01135, B4X79_02990, B4Y57_05390, F3O35_02795 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3A6YDN3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.11 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium acetate, sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 32149 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 42.34 Å² / CC_1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1542 / CC_1/2: 0.495 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.25→29.59 Å / SU ML: 0.3029 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.4112
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2607	1660	5.17 %
R_work	0.2236	30430	-
obs	0.2255	32090	99.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3596	0	0	52	3648

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0049	3678
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6137	4994
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0428	555
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	648
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9385	2192

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.32	0.359	112	0.3251	2410	X-RAY DIFFRACTION	95.13
2.32-2.39	0.3311	142	0.306	2463	X-RAY DIFFRACTION	98.6
2.39-2.48	0.3551	142	0.3	2507	X-RAY DIFFRACTION	98.88
2.48-2.58	0.3167	132	0.2746	2516	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.58-2.7	0.2995	138	0.2732	2517	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.7-2.84	0.2804	136	0.2436	2534	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.84-3.02	0.2581	149	0.2489	2525	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.02-3.25	0.2757	127	0.243	2576	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.25-3.57	0.2675	152	0.2274	2545	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.57-4.09	0.2166	159	0.1983	2532	X-RAY DIFFRACTION	99.56
4.09-5.15	0.2404	114	0.1809	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.64
5.15-29.59	0.2401	157	0.2008	2682	X-RAY DIFFRACTION	98.85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.28926319102	-1.36162457445	3.48079499749	2.16673278794	-2.05908611473	3.23349774076	0.600801682507	-0.32623220086	-0.379010092236	-0.54984769048	-0.0463019705043	0.699531837443	0.934833079945	-0.501354606286	-0.547258713579	0.732318249779	-0.0351971211374	-0.153413451225	0.377339945989	0.0682896168065	0.554784870316	25.9078255781	-6.71072846535	63.5296026563
2	0.688846679353	0.221595249232	1.69951335788	2.66256486085	1.57033962947	7.39649806294	0.403406569877	0.376997724768	-0.46255958432	-1.12015745948	-0.0722037497021	0.490302592885	0.939618444211	-0.120387682286	-0.364071616634	0.720226330346	0.0543357128733	-0.359188081935	0.492205298253	0.0074105226668	0.765606844764	16.2642448644	2.56962724883	44.7803882822
3	2.50079553495	0.646494441845	-1.17862590526	4.52255941486	3.63529442279	8.78644007018	0.294331297718	-0.744123478066	0.314211865923	0.352975398859	-0.52846221981	0.559955404499	0.00440743539458	-0.48190308815	0.160358819866	0.248360265098	-0.063652962707	0.0231703492209	0.520402320926	-0.0741186338633	0.423560085053	10.8519935338	32.1198703952	68.6114017963
4	7.97918412543	-4.15416726851	0.713468228206	2.99498284274	-0.708269167315	0.585132636806	0.222866201511	0.127313214432	-0.0360231998272	-0.0209360767514	-0.187011223319	0.047790971852	-0.281575011538	-0.0617023400154	-0.0250671605448	0.334326322995	0.038910875498	-0.0160075120408	0.239450749389	-0.0150281736817	0.263138696269	28.8034836544	20.5093831729	55.7417292437
5	0.947457523481	0.26709614463	0.339280218587	1.99397547864	-0.737465165273	3.41589225159	0.00929826168803	-0.289480196686	0.0272190727076	0.286604810435	0.00620079506642	0.019870871126	-0.252706812318	-0.176275296005	0.010421048929	0.273367825432	0.0719058847011	-0.0102961036214	0.337404180494	-0.000971211595462	0.352768117203	45.6807700136	7.23965225927	79.4054534173

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 519 through 598 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 599 through 630 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 183 through 267 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 268 through 346 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 347 through 518 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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