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- PDB-7x9e: Crystal structure of the 76E1 Fab in complex with a SARS-CoV-2 sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x9e
タイトルCrystal structure of the 76E1 Fab in complex with a SARS-CoV-2 spike peptide
要素
  • 76E1 Fab Heavy Chain
  • 76E1 Fab Light Chain
  • Spike peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Antibody / Fab / Spike / Fusion peptide / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chen, X. / Zhang, T. / Ding, J. / Sun, X. / Sun, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Neutralization mechanism of a human antibody with pan-coronavirus reactivity including SARS-CoV-2.
著者: Sun, X. / Yi, C. / Zhu, Y. / Ding, L. / Xia, S. / Chen, X. / Liu, M. / Gu, C. / Lu, X. / Fu, Y. / Chen, S. / Zhang, T. / Zhang, Y. / Yang, Z. / Ma, L. / Gu, W. / Hu, G. / Du, S. / Yan, R. / ...著者: Sun, X. / Yi, C. / Zhu, Y. / Ding, L. / Xia, S. / Chen, X. / Liu, M. / Gu, C. / Lu, X. / Fu, Y. / Chen, S. / Zhang, T. / Zhang, Y. / Yang, Z. / Ma, L. / Gu, W. / Hu, G. / Du, S. / Yan, R. / Fu, W. / Yuan, S. / Qiu, C. / Zhao, C. / Zhang, X. / He, Y. / Qu, A. / Zhou, X. / Li, X. / Wong, G. / Deng, Q. / Zhou, Q. / Lu, H. / Ling, Z. / Ding, J. / Lu, L. / Xu, J. / Xie, Y. / Sun, B.
履歴
登録2022年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 76E1 Fab Heavy Chain
B: 76E1 Fab Light Chain
C: 76E1 Fab Heavy Chain
D: 76E1 Fab Light Chain
E: Spike peptide
F: Spike peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2266
ポリマ－98,2266
非ポリマー00
水1,65792
1
A: 76E1 Fab Heavy Chain
B: 76E1 Fab Light Chain
E: Spike peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1133
ポリマ－49,1133
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
2
C: 76E1 Fab Heavy Chain
D: 76E1 Fab Light Chain
F: Spike peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1133
ポリマ－49,1133
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.356, 84.515, 87.114
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: 抗体 76E1 Fab Heavy Chain


分子量: 23378.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 76E1 Fab Light Chain


分子量: 22949.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: Abvec-HIgG1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド Spike peptide


分子量: 2785.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1M sodium citrate pH 4.5, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月1日
放射モノクロメーター: LN2-cooled DCM with Si(111) crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 30037 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 1.044 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2953 / CC1/2: 0.534

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BQB

6bqb


解像度: 2.6→38.88 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2432 1499 5 %
Rwork0.1949 28455 -
obs0.1974 29954 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.79 Å2 / Biso mean: 34.683 Å2 / Biso min: 13.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→38.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6530 0 0 92 6622
Biso mean---28.95 -
残基数----871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086690
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0399103
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571033
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071160
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1463984
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.601-2.68490.38641280.3234238392
2.6849-2.78090.37411310.2885255699
2.7809-2.89220.34691410.2703255599
2.8922-3.02380.30651360.25982572100
3.0238-3.18310.31861340.22782577100
3.1831-3.38240.27371350.20922605100
3.3824-3.64340.27641320.18422575100
3.6434-4.00970.18561430.16882595100
4.0097-4.58920.17811390.13272621100
4.5892-5.77880.15991380.14512657100
5.7788-38.880.20561420.1853275999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9793-1.36340.25233.6995-0.21452.3728-0.0306-0.15210.07-0.07240.06280.18780.0677-0.011-0.05850.158-0.005-0.00390.15150.00580.214136.4118.576142.958
21.8928-0.1610.0322.35230.33973.00320.05150.0337-0.2352-0.0703-0.04590.38560.1093-0.4099-0.01750.24540.048-0.01790.39080.06130.3209126.9125.016107.471
32.7422-1.7549-1.01433.8580.71946.0032-0.1426-0.0498-0.1145-0.2673-0.15810.1773-0.258-0.33360.2910.2538-0.0133-0.02460.4290.03490.3882126.49225.192104.54
42.7695-0.47980.38042.1342-0.11253.65480.0902-0.1148-0.2421-0.1786-0.085-0.15610.31390.137-0.01410.19720.02780.02050.16060.06380.2516147.0282.926132.37
51.07730.224-0.17984.8979-0.11521.99990.0632-0.0388-0.03040.0143-0.1582-0.1658-0.14280.28730.09750.2138-0.00990.03920.33810.10670.2668142.92320.573107.873
63.6861.09670.22373.1226-0.40183.47190.16290.25130.26940.0891-0.2415-0.0385-0.27370.11820.05730.24610.04090.02020.22930.03570.1697172.5129.23281.488
72.03721.16860.42982.8667-1.36353.76-0.05850.0729-0.0299-0.04380.1162-0.07120.0418-0.2631-0.05560.1279-0.00180.00980.1902-0.04130.1894183.2249.06118.921
83.2170.2578-0.18441.3667-0.33974.27110.203-0.0137-0.25790.1873-0.01120.4106-0.0435-0.8735-0.16740.243-0.00920.0280.43790.02310.2977154.6812.93991.807
93.6741.49890.42522.97890.37143.3019-0.006-0.11880.33190.057-0.01410.1818-0.1396-0.38580.00260.22180.0374-0.0360.26870.00530.2092167.77715.138118.167
106.22170.3591.15844.72272.52935.03080.1398-0.31510.11770.89320.4038-0.28970.49270.7918-0.54620.31690.1298-0.03080.516-0.0090.2812148.8611.361153.368
114.1536-0.13791.57776.7263-1.65156.4810.21990.39380.4374-0.40990.1420.21290.19680.0662-0.36410.21750.10810.01780.5539-0.05140.3538158.598.55269.976
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:121 )A2 - 121
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 122:175 )A122 - 175
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 176:223 )A176 - 223
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 3:110 )B3 - 110
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 111:213 )B111 - 213
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 2:119 )C2 - 119
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND RESID 120:223 )C120 - 223
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND RESID 3:110 )D3 - 110
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN D AND RESID 111:212 )D111 - 212
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN E AND RESID 814:825 )E814 - 825
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN F AND RESID 812:826 )F812 - 826

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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