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万見
- PDB-7x98: 5-Aminolevulinate synthase HemA from Rhodopseudomonas palustris -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x98
タイトル5-Aminolevulinate synthase HemA from Rhodopseudomonas palustris
要素5-aminolevulinate synthase
キーワードTRANSFERASE / PLP dependent enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


5-aminolevulinate synthase / 5-aminolevulinate synthase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Tetrapyrrole biosynthesis, 5-aminolevulinic acid synthase / : / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
5-aminolevulinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Zhang, T.T. / Liu, H.P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of 5-Aminolevulinate synthase HemA from Rhodopseudomonas palustris presents multiple conformations.
著者: Zhang, T. / Chen, J. / Zheng, P. / Gong, W. / Sun, J. / Liu, H.
履歴
登録2022年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-aminolevulinate synthase
B: 5-aminolevulinate synthase
C: 5-aminolevulinate synthase
D: 5-aminolevulinate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,8614
ポリマ－175,8614
非ポリマー00
水16,051891
1
A: 5-aminolevulinate synthase
B: 5-aminolevulinate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9312
ポリマ－87,9312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8310 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area26040 Å2
手法PISA
2
C: 5-aminolevulinate synthase
D: 5-aminolevulinate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9312
ポリマ－87,9312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8430 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area26090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.157, 68.896, 85.639
Angle α, β, γ (deg.)82.020, 85.260, 66.060
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
5-aminolevulinate synthase / 5-aminolevulinic acid synthase / Delta-ALA synthase / Delta-aminolevulinate synthase


分子量: 43965.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
遺伝子: hemA, HUU61_06935 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M1FRN3, 5-aminolevulinate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 891 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.66 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Bis-Tris pH 6.5, Polyethylene glycol monomethyl ether 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 82589 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.614 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 303616
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.05-2.123.70.17880840.667192.6
2.12-2.213.70.14981450.779193
2.21-2.313.70.12882170.875193.5
2.31-2.433.70.1181971.049193.9
2.43-2.583.70.09583051.206194.6
2.58-2.783.70.08483001.464195.2
2.78-3.063.70.07184051.833195.7
3.06-3.513.60.05983702.397195.8
3.51-4.423.50.05182412.889194.1
4.42-503.50.04883253.162195

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BWN

2bwn


解像度: 2.05→34.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.978 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2038 4148 5 %RANDOM
Rwork0.1518 ---
obs0.1544 78440 94.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.74 Å2 / Biso mean: 25.655 Å2 / Biso min: 10.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.65 Å20.42 Å20.69 Å2
2---0.84 Å2-0.23 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→34.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12226 0 0 891 13117
Biso mean---30.63 -
残基数----1598
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01312549
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5691.63517066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3951.57226485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.62251610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.09720.157701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.925151898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.70315124
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21623
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022978
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.098 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 273 -
Rwork0.165 5523 -
obs--89.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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