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万見
- PDB-7x8k: Arabidopsis GDP-D-mannose pyrophosphorylase (VTC1) structure (pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x8k
タイトルArabidopsis GDP-D-mannose pyrophosphorylase (VTC1) structure (product-bound)
要素Mannose-1-phosphate guanylyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / ascorbic acid / nucleotide sugar / guanylyltransferase / Arabidopsis thaliana
機能・相同性
機能・相同性情報


mannose-1-phosphate guanylyltransferase / mannose-1-phosphate guanylyltransferase (GTP) activity / cellulose biosynthetic process / cell wall mannoprotein biosynthetic process / GDP-mannose biosynthetic process / response to ammonium ion / response to jasmonic acid / response to ozone / L-ascorbic acid biosynthetic process / protein glycosylation ...mannose-1-phosphate guanylyltransferase / mannose-1-phosphate guanylyltransferase (GTP) activity / cellulose biosynthetic process / cell wall mannoprotein biosynthetic process / GDP-mannose biosynthetic process / response to ammonium ion / response to jasmonic acid / response to ozone / L-ascorbic acid biosynthetic process / protein glycosylation / response to salt stress / nucleotidyltransferase activity / response to heat / defense response to bacterium / GTP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mannose-1-phosphate guanyltransferase, N-terminal domain / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE / PYROPHOSPHATE / Mannose-1-phosphate guanylyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhao, S. / Zhang, C. / Liu, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2022
タイトル: Crystal Structures of Arabidopsis thaliana GDP-D-Mannose Pyrophosphorylase VITAMIN C DEFECTIVE 1.
著者: Zhang, C. / Zhao, S. / Li, Y.S. / He, C. / Wang, X. / Liu, L.
履歴
登録2022年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mannose-1-phosphate guanylyltransferase 1
B: Mannose-1-phosphate guanylyltransferase 1
C: Mannose-1-phosphate guanylyltransferase 1
D: Mannose-1-phosphate guanylyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,52528
ポリマ－165,3614
非ポリマー3,16524
水19811
1
A: Mannose-1-phosphate guanylyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7119
ポリマ－41,3401
非ポリマー1,3718
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16070 Å2
手法PISA
2
B: Mannose-1-phosphate guanylyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9987
ポリマ－41,3401
非ポリマー6586
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16300 Å2
手法PISA
3
C: Mannose-1-phosphate guanylyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9136
ポリマ－41,3401
非ポリマー5735
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15630 Å2
手法PISA
4
D: Mannose-1-phosphate guanylyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9026
ポリマ－41,3401
非ポリマー5625
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.113, 185.113, 371.752
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 81 or (resid 82...
21(chain B and (resid 1 through 81 or (resid 82...
31(chain C and (resid 1 through 9 or (resid 10...
41(chain D and (resid 1 through 151 or (resid 152...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETTHRTHR(chain A and (resid 1 through 81 or (resid 82...AA1 - 813 - 83
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 1 through 81 or (resid 82...AA8284
13METMETALAALA(chain A and (resid 1 through 81 or (resid 82...AA1 - 3663 - 368
14METMETALAALA(chain A and (resid 1 through 81 or (resid 82...AA1 - 3663 - 368
15METMETALAALA(chain A and (resid 1 through 81 or (resid 82...AA1 - 3663 - 368
16METMETALAALA(chain A and (resid 1 through 81 or (resid 82...AA1 - 3663 - 368
21METMETTHRTHR(chain B and (resid 1 through 81 or (resid 82...BB1 - 813 - 83
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 1 through 81 or (resid 82...BB8284
23METMETPPVPPV(chain B and (resid 1 through 81 or (resid 82...BB - R1 - 5063
24METMETPPVPPV(chain B and (resid 1 through 81 or (resid 82...BB - R1 - 5063
25METMETPPVPPV(chain B and (resid 1 through 81 or (resid 82...BB - R1 - 5063
26METMETPPVPPV(chain B and (resid 1 through 81 or (resid 82...BB - R1 - 5063
31METMETGLYGLY(chain C and (resid 1 through 9 or (resid 10...CC1 - 93 - 11
32PHEPHEPHEPHE(chain C and (resid 1 through 9 or (resid 10...CC1012
33METMETPROPRO(chain C and (resid 1 through 9 or (resid 10...CC1 - 3573 - 359
34METMETPROPRO(chain C and (resid 1 through 9 or (resid 10...CC1 - 3573 - 359
35METMETPROPRO(chain C and (resid 1 through 9 or (resid 10...CC1 - 3573 - 359
36METMETPROPRO(chain C and (resid 1 through 9 or (resid 10...CC1 - 3573 - 359
41METMETGLUGLU(chain D and (resid 1 through 151 or (resid 152...DD1 - 1513 - 153
42GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 1 through 151 or (resid 152...DD152154
43METMETPROPRO(chain D and (resid 1 through 151 or (resid 152...DD1 - 3573 - 359
44METMETPROPRO(chain D and (resid 1 through 151 or (resid 152...DD1 - 3573 - 359
45METMETPROPRO(chain D and (resid 1 through 151 or (resid 152...DD1 - 3573 - 359
46METMETPROPRO(chain D and (resid 1 through 151 or (resid 152...DD1 - 3573 - 359

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Mannose-1-phosphate guanylyltransferase 1 / GDP-mannose pyrophosphorylase 1 / Protein CYTOKINESIS DEFECTIVE 1 / Protein EMBRYO DEFECTIVE 101 / ...GDP-mannose pyrophosphorylase 1 / Protein CYTOKINESIS DEFECTIVE 1 / Protein EMBRYO DEFECTIVE 101 / Protein HYPERSENSITIVE TO AMMONIUM ION 1 / Protein SENSITIVE TO OZONE 1 / Protein VITAMIN C DEFECTIVE 1


分子量: 41340.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CYT1, EMB101, GMP1, HSN1, SOZ1, VTC1, At2g39770, T5I7.7
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O22287, mannose-1-phosphate guanylyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 35分子

#2: 化合物 ChemComp-GDD / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE / GDP-マンノ-ス


分子量: 605.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N5O16P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.9 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: magnesium formate, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 49084 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.1 % / CC1/2: 0.969 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 11 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4853 / CC1/2: 0.859 / Rpim(I) all: 0.366 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7D72

7d72


解像度: 3→30.82 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2601 2442 5.01 %
Rwork0.2338 46332 -
obs0.2351 48774 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 158.26 Å2 / Biso mean: 58.6132 Å2 / Biso min: 25.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→30.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11002 0 178 11 11191
Biso mean--76.19 41.78 -
残基数----1442
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4947X-RAY DIFFRACTION15.949TORSIONAL
12B4947X-RAY DIFFRACTION15.949TORSIONAL
13C4947X-RAY DIFFRACTION15.949TORSIONAL
14D4947X-RAY DIFFRACTION15.949TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3-3.060.36611350.3623263197
3.06-3.130.37561220.32022738100
3.13-3.20.3071450.29622739100
3.2-3.280.34851280.30042708100
3.28-3.370.31221520.26952726100
3.37-3.470.2971580.29212716100
3.47-3.580.3151520.30042721100
3.58-3.710.29861280.25952725100
3.71-3.860.29331430.25882745100
3.86-4.030.28881500.2643260296
4.03-4.240.23261380.2223267198
4.25-4.510.25111720.19292724100
4.51-4.860.23261410.1763272899
4.86-5.340.23351380.18552759100
5.34-6.110.22751470.21612767100
6.11-7.680.23311400.21292809100
7.68-30.820.17981530.171282398
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.5949 Å / Origin y: 0.3256 Å / Origin z: 92.4693 Å
111213212223313233
T0.2261 Å20.0098 Å2-0.0397 Å2-0.4143 Å2-0.0531 Å2--0.3136 Å2
L0.5609 °20.3721 °2-0.2456 °2-0.589 °2-0.283 °2--0.5605 °2
S-0.0102 Å °-0.1703 Å °-0.0814 Å °-0.058 Å °0.0104 Å °-0.0267 Å °-0.0934 Å °0.032 Å °-0.0029 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 366
2X-RAY DIFFRACTION1allA401 - 506
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 506
4X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 357
5X-RAY DIFFRACTION1allC402 - 504
6X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 357
7X-RAY DIFFRACTION1allD501 - 505
8X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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